あらすじ

宇宙から地球侵略にやって来たケロン星人のケロロ軍曹はいつものようにガンプラを作っていた
がそのガンプラは悪の貴公子キラ・ヤマトに木っ端微塵にされケロロは彼へと復讐を誓う
ひそかに復讐のチャンスを狙っているはずのケロロは緑で同じにおいのするディアッカとすっかり仲良くなり毎日一緒にゲロゲログレグレ
ギロロにクルルも加え、人数合わせ（シン）もいれてついにメンバーは五人、復讐小隊を結成しキラに復讐を開始する
がそのキラがかませ犬（シン）を蹴散らして地球に舞い降りてきちゃったからさぁ大変!!
さらにラクス・クラインまで飛来。街中に異変が起こり、人々は大混乱に陥った!
実はラクスとキラは敵性型侵略地球人で人々を洗脳し地球を我が物にしようとしていたのだ！
このままでは地球は滅びてしまう!!!
ガンダム界の黒歴史を前にケロロ小隊が立ち上がる時が来た!果たして地球の運命は?
地球を侵略するのは誰だ！地球を守るのは誰だ！
宇宙規模の友情と闘いを微妙なスケールで描く感動作？

PHASE1 怒れる瞳―キラｖｓケロロ

PHASE2 血のバレンタインの悲劇

PHASE3 クルル。宇宙で一番根暗な奴

PHASE4 勧誘

PHASE5 ５人集結―たぶん史上最大の作戦

PHASE6 シンｖｓキラ−主役を賭けた戦い

PHASE7 キラ・ヤマト−破滅の使者

PHASE EXTRA てゆーか後付設定？