〜利己的遺伝因子の世界〜トランスポゾン、ウイルス、プラスミド〜

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自己紹介

研究活動報告

2017年1月より論文発表以外の活動報告を英語版に統一しました。

2016年以前▼
• (2016/12/28) Repbase Reports 16(12)を発行しました。
  
• (2016/11/30) MBSJ2016(第39回日本分子生物学会年会)で公募シンポジウム『遺伝情報の水平移動』のオーガナイザーをしました。発表もしました。演者の皆様、聴衆の皆様ありがとうございました。
  　　セッション番号：【1PS11】
  　　日時：2016年11月30日（水）13:00-15:15
  　　会場：第11会場（パシフィコ横浜会議センター 4階「413」）
  　　席数：約100席
  
• (2016/11/29) Repbase Reports 16(11)を発行しました。
  
• (2016/11/24-25)International Symposium on Evolutionary Genomics and Bioinformatics (ISEGB2016)に参加しました。
  
• (2016/11/21) 進化学会研究奨励賞の受賞記が進化学会のニュースレターに掲載されました。
  
• (2016/10/XX) 日本語総説がHelicobacter Researchから出版されました。
  
• (2016/10/23) Repbase Reports 16(10)を発行しました。
  
• (2016/09/27) Repbase Reports 16(9)を発行しました。
  
• (2016/09/23) 主著論文がPLoS ONEから出版されました。論文リストから全文を見ることができます。
  
• (2016/09/07) 主著論文がMolecular Biology and Evolutionから出版されました。論文リストから全文を見ることができます。
  
• (2016/08/31) Repbase Reports 16(8)を発行しました。
  
• (2016/08/26)日本進化学会第18回大会でポスター発表をしました。
  
• (2016/08/26)日本進化学会第18回大会でワークショップ『利己的な遺伝因子の進化学』のオーガナイザーをしました。発表もしました。
  　　日時：2016年8月26日（水）13:40-16:40
  　　会場：Room5 (西6号館2階 W621講義室)
  
• (2016/08/09) 共著論文がPLoS ONEから出版されました。論文リストから全文を見ることができます。
  
• (2016/08/01) 台湾の国立成功大学の助理教授に就任しました。
  
• (2016/07/25) Repbase Reports 16(7)を発行しました。
  
• (2016/07/15) 東京大学新領域創成科学研究科の生命科学概論を担当しました。
  
• (2016/06/30) 日本進化学会より研究奨励賞を受賞しました。
  
• (2016/06/28) Repbase Reports 16(6)を発行しました。
  
• (2016/05/26) Repbase Reports 16(5)を発行しました。
  
• (2016/04/26) Repbase Reports 16(4)を発行しました。
  
• (2016/04/20) UC Santa CruzのProf. Todd Loweの研究室を訪問し、研究打ち合わせをしました。
  
• (2016/04/01) 東京大学新領域創成科学研究科の特任研究員になりました。
  
• (2016/04/01) 国際科学振興財団の特任研究員になりました。
  
• (2016/04/01) Genetic Information Research InstituteのScientific Directorになりました。
  
• (2016/03/27) Repbase Reports 16(3)を発行しました。
  
• (2016/03/06) International Symposium on Genome Microbiology に参加しました。
  
• (2016/03/04-05) 第10回日本ゲノム微生物学会年会で発表しました。
  
• (2016/02/26) 理研（和光キャンパス）でセミナーをしました。
  
• (2016/02/24) Repbase Reports 16(2)を発行しました。
  
• (2016/01/27) Repbase Reports 16(1)を発行しました。
  
• (2016/01/09-13) Plant and Animal Genomics XXIVでポスター発表しました。
  
• (2015/12/20-22) 新学術領域「ゲノム・遺伝子相関」2015年度班会議に参加しました。
  
• (2015/12/16) Repbase Reports 15(12)にチクビヒドラ（Hydra magnipapillata）とイネ（Oryza sativa）の転移因子を報告しました。
  
• (2015/12/16) Repbase Reports 15(12)を発行しました。
• (2015/12/11) KEGG20周年記念シンポジウムに参加しました。
  
• (2015/12/01) BMB2015でワークショップ1W12-p「ゲノムに組み込まれたウイルス：その機能と進化」のオーガナイザーをしました。発表もしました。
  　　日時：2015年12月1日(火) 14:00-16:30
  　　会場：第12会場(神戸ポートピアホテル 南館 B1F ダイヤモンド)
  　　席数：約220席
  
• (2015/11/29) JSBi生命システム理論研究会〜細胞システムの機能獲得と進化のメカニズム〜に参加しました。
  
• (2015/11/27) 共著論文がISME Journalから出版されました。論文リストから全文を見ることができます。
  
• (2015/11/27) Repbase Reports 15(11)にチクビヒドラ（Hydra magnipapillata）の転移因子を報告しました。
  
• (2015/11/27) Repbase Reports 15(11)を発行しました。
• (2015/11/10) 主著論文がPLoS ONEから出版されました。論文リストから全文を見ることができます。
  
• (2015/11/10) 台湾の国立成功大学でセミナーをしました。
  
• (2015/10/29) Repbase Reports 15(10)にマラウィ湖のシクリッド、カイコ、サシガメ(Rhodnius prolixus)の転移因子を報告しました。
  
• (2015/10/29) Repbase Reports 15(10)を発行しました。
• (2015/10/20) 主著論文がBMC Genomicsから出版されました。論文リストから全文を見ることができます。
  
• (2015/09/27) Repbase Reports 15(9)にナミアゲハ(Asian Swallowtail, Papilio xuthus) 、シロオビアゲハ(Common mormon, Papilio polytes) の転移因子を報告しました。
  
• (2015/09/27) Repbase Reports 15(9)を発行しました。
  
• (2015/08/28) Repbase Reports 15(8)にコムギ黒さび病菌(Wheat stem rust, Puccinia graminis) の転移因子を報告しました。
  
• (2015/08/28) Repbase Reports 15(8)を発行しました。
  
• (2015/08/27-28)新学術領域「ゲノム支援」2015年度拡大班会議に参加し、発表しました。
  
• (2015/08/21) 進化学会第17回大会の一般口頭発表で発表しました。
  
• (2015/08/20) 進化学会第17回大会のワークショップ「大規模配列解析が明らかにするウイルスと進化」で発表しました。
  
• (2015/07/29) Repbase Reports 15(7)を発行しました。
  
• (2015/06/29) Repbase Reports 15(6)にレタス(Lactuca sativa) の転移因子を報告しました。
  
• (2015/06/29) Repbase Reports 15(6)を発行しました。
  
• (2015/06/14-18) FASEB Science Research Conference "Mobile DNA in Mammalian Genomes"で発表しました。(poster & lightning talk)
  
• (2015/06/02) 共著論文がMobile DNAから出版されました。論文リストから全文を見ることができます。
  
• (2015/06/01-02) 2015 IMSUT Exhibition(東大医科研研究発表会)で発表しました（ポスター32）。
  
• (2015/05/27) Repbase Reports 15(5)にナンヨウアブラギリ(Jatropha curcas) とコムギ赤さび病菌(Wheat leaf rust, Puccinia triticina) の転移因子を報告しました。
  
• (2015/05/27) Repbase Reports 15(5)を発行しました。
  
• (2015/05/27) 単著論文がGenome Biology and Evolutionから出版されました。論文リストから全文を見ることができます。
  
• (2015/05/25-26) 第9回日本エピジェネティクス研究会で発表しました（ポスター2P-26, 5/26）。
  
• (2015/04/23) Repbase Reports 15(4)を発行しました。
  
• (2015/04/01) 特任助教になりました。
  
• (2015/03/31) Repbase Reports 15(3)を発行しました。
  
• (2015/03/09) 神戸大学大学院農学系研究科中屋敷均教授の研究室を訪問しました。
  
• (2015/03/09) 神戸大学でセミナーをしました。
  
• (2015/03/06-08) 第9回日本ゲノム微生物学会年会で発表しました。
  
• (2015/03/02) Dr. Richard Robertsとのroundtable discussionに参加しました。
  
• (2015/02/27) Repbase Reports 15(2)を発行しました。
  
• (2015/02/26-27) 2014年度遺伝研研究会「転移因子と宿主の相互作用による生命進化」で発表しました。
  
• (2015/01/29) 東京大学大学院新領域創成科学研究科/医科学研究所でセミナーをしました。
  
• (2015/01/26) Repbase Reports 15(1)を発行しました。
  
• (2015/01/20-21) International Symposium on Genome Science 2015に参加しました。
  
• (2014/12/19) 京都大学ウイルス研究所宮沢孝幸准教授の研究室を訪問しました。
  
• (2014/12/18) JT生命誌研究館でセミナーをしました。
  
• (2014/12/16) Repbase Reports 14(12)を発行しました。
  
• (2014/12/12) 参加したワニのゲノム解読に関する共著論文が3本出版されました。ゲノム報告論文、内在性レトロウイルスの論文、non-LTR retrotransposonのCR1の論文の３本です。
  
• (2014/11/30) Repbase Reports 14(11)を発行しました。
  
• (2014/11/28) Tokyo RNA Club The 16th Meetingに参加しました。
  
• (2014/11/25-27) 第37回分子生物学会年会に参加しました。
  
• (2014/10/16) 東京大学大学院新領域創成科学研究科／医科学研究所に異動しました。
  
• (2014/10/15) Repbase Reports 14(10)にメダカ(Oryzias latipes)、イトヨ(Gasterosteus aculeatus)、メルポメネドクチョウ(Heliconius melpomene)、ショウジョウバエ(Drosophila santomea)、クモノスカビ(Rhizopus oryzae)、卵菌2種（Phytophthora sojae、Phytophthora ramorum）の転移因子を報告しました。
  
• (2014/09/22) Repbase Reports 14(9)に植物2種（トウゴマ(Ricinus communis)、カカオ(Theobroma cacao)）の転移因子を報告しました。
  
• (2014/08/19) Repbase Reports 14(8)に卵菌エキビョウキン(Phytophthora infestans)の転移因子を報告しました。
  
• (2014/08/04) Repbase ReportsのActing Co-Editorになりました。
  
• (2014/07/30) Repbase Reports 14(7)に多毛類Capitella teletaの転移因子を報告しました。
  
• (2014/06/26) Repbase Reports 14(6)にゼブラフィッシュの転移因子を報告しました。
  
• (2014/05/23) Repbase Reports 14(5)にゼブラフィッシュの転移因子を報告しました。
  
• (2014/04/25) Repbase Reports 14(4)にアリ2種（Camponotus floridanus, Harpegnathos saltator）の転移因子を報告しました。
  
• (2014/03/24) Repbase Reports 14(3)にアリ３種（アカシュウカクアリと２種のハキリアリ）の転移因子、および、節足動物のTRAS、SARTを報告しました。
  
• (2014/02/25) Repbase Reports 14(2)にアリ２種（アルゼンチンアリ、ヒアリ）の転移因子を報告しました。
  
• (2014/01/17) Repbase Reports 14(1)に紅藻ヤハズツノマタの転移因子を報告しました。
  
• (2013/12/20) Repbase Reports 13(12)にシーラカンスの転移因子を報告しました。
  
• (2013/11/21) Repbase Reports 13(11)に紅藻ヤハズツノマタの転移因子を報告しました。
  
• (2013/10/31) Repbase Reports 13(10)に紅藻ヤハズツノマタの転移因子を報告しました。
  
• (2013/09/29) Repbase Reports 13(9)にニシキガメの転移因子を報告しました。
  
• (2013/08/25) Repbase Reports 13(8)にニシキガメの転移因子を報告しました。
  
• (2013/07/20) Repbase Reports 13(7)にニシキガメの転移因子を報告しました。
  
• (2013/07/09) 主著論文がPLoS ONEから出版されました。論文リストから全文を見ることができます。
  
• (2013/06/21) Repbase Reports 13(6)にヤツメウナギとダイズ、ブドウの転移因子を報告しました。
  
• (2013/05/21) Repbase Reports 13(5)にヤツメウナギの転移因子を報告しました。
  
• (2013/04/28) Repbase Reports 13(4)にグリーンアノールの転移因子を報告しました。
  
• (2013/02/21) Repbase Reports 13(2)にムラサキウニ、イチゴ、Arabidopsis lyrataの転移因子を報告しました。
  
• (2013/01/30) Repbase Reports 13(1)にグリーンアノール、マガキ、線虫の転移因子を報告しました。
  
• (2012/12/20) Repbase Reports 12(12)にグリーンアノールとネッタイシマカの転移因子を報告しました。
  
• (2012/11/04) Repbase Reports 12(11)にうどんこ病菌の転移因子を報告しました。
  
• (2012/10/25) 共著論文がBiology Directから出版されました。論文リストから全文を見ることができます。
  
• (2012/10/07) Repbase Reports 12(10)にSaccoglossus kowalevski、Serpula lacrymans、Melampsora larici-populina、Puccinia graminisの転移因子と哺乳類の古い転移因子を報告しました。
  
• (2012/09/22) Repbase Reports 12(9)にユウレイボヤとショウジョウバエの転移因子を報告しました。
  
• (2012/08/31) Repbase Reports 12(8)にショウジョウバエの転移因子を報告しました。
  
• (2012/07/21) Repbase Reports 12(7)にショウジョウバエの転移因子を報告しました。
  
• (2012/06/06) Repbase Reports 12(6)にショウジョウバエの転移因子を報告しました。
  
• (2012/05/24) Repbase Reports 12(5)にショウジョウバエの転移因子を報告しました。
  
• (2012/04/21) Repbase Reports 12(4)にショウジョウバエの転移因子を報告しました。
  
• (2012/03/31) Repbase Reports 12(3)にショウジョウバエの転移因子を報告しました。
  
• (2012/08/03) Fujihara Seminar "A new horizon of retroposon research"で発表しました。
  
• (2012/02/24-28) 3rd International Conference/Workshop Genomic Impact of Eukaryotic Transposable Elementsで発表しました。
  
• (2012/02/15) Repbase Reports 12(2)にダイズの転移因子を報告しました。
  
• (2012/01/31) Repbase Reports 12(1)にグリーンアノール、トラフグ、ナツメヤシの転移因子を報告しました。
  
• (2011/11/22) Repbase Reports 11(11)にパパイヤとTuber melanosporumの転移因子を報告しました。
  
• (2011/11/01) Staff Scientistに昇進しました。
  
• (2011/10/18) 主著論文がMobile DNAから出版されました。論文リストから全文を見ることができます。
  
• (2011/10/08) Bay Area Seminarで発表しました。
  
• (2011/09/30) Repbase Reports 11(9)にPhaeodactylum tricornutumの転移因子と新規の転移因子グループとしてMuDRF、Saganを報告しました。
  
• (2011/09/19) 共著論文がBiology Directから出版されました。論文リストから全文を見ることができます。
  
• (2011/09/15) 共著論文がPLoS ONEから出版されました。論文リストから全文を見ることができます。
  
• (2011/08/27) Repbase Reports 11(8)にPuccinia triticina、Puccinia graminis、Melampsora larici-populinaの転移因子と、新規の転移因子グループとしてMuDRF、Saganを報告しました。
  
• (2011/08/25) GSC七夕ミーティングで発表しました。
  
• (2011/08/01) Young Researchers Conference on Evolutionary Genomicsで発表しました。
  
• (2011/07/29) Repbase Reports 11(7)にブドウの転移因子を報告しました。
  
• (2011/07/27) SMBE2011で発表しました。
  
• (2011/06/30) Repbase Reports 11(6)にミジンコとPuccinia graminisの転移因子を報告しました。
  
• (2011/05/31) Repbase Reports 11(5)に哺乳類の古い転移因子と、Naegleria gruberiの転移因子を報告しました。
  
• (2011/04/30) Repbase Reports 11(4)にネッタイシマカの転移因子を報告しました。
  
• (2011/03/31) Repbase Reports 11(3)にネッタイシマカの転移因子を報告しました。
  
• (2011/02/28) Repbase Reports 11(2)にネッタイシマカとネコの転移因子を報告しました。
  
• (2011/01/06) Repbase Reports 11(1)にCulex quinquefasciatus の転移因子を報告しました。
  
• (2010/12/18) Repbase Reports 10(12)にハリネズミの転移因子を報告しました。
  
• (2010/11/30) Repbase Reports 10(11)にゼブラフィッシュ、イソギンチャク、キセイバチ、Saccoglossus kowalevskiの転移因子を報告しました。
  
• (2010/10/30) Repbase Reports 10(10)にリンゴの転移因子を報告しました。
  
• (2010/08/28) Repbase Reports 10(8)にユウレイボヤとモロコシ、グリーンアノールの転移因子を報告しました。
  
• (2010/07/27) Repbase Reports 10(7)に線虫Pristionchus pacificusの転移因子を報告しました。
  
• (2010/06/30) Repbase Reports 10(6)にヒドラ、オポッサム、モロコシ、ムラサキウニの転移因子を報告しました。
  
• (2010/04/30) Repbase Reports 10(4)にモロコシの転移因子を報告しました。
  
• (2010/03/31) Repbase Reports 10(3)に哺乳類、グリーンアノール、シクリッド、トゲウオ、ゼブラフィッシュ、メダカ、モロコシの転移因子を報告しました。
  
• (2010/02/28) Repbase Reports 10(2)にポプラ，モロコシの転移因子と、昆虫のnon-LTR retrotransposon Ingiを報告しました。
  
• (2010/01/31) Repbase Reports 10(1)にモロコシの転移因子を報告しました。
  
• (2010/12/17) 主著論文がMolecular Biology and Evolutionから2本同時に出版されました。論文リストから全文を見ることができます。
  

現代用語の基礎知識〜利己的遺伝因子編

転移因子	2011/09/19作成
DNAトランスポゾン	2011/09/19作成
レトロトランスポゾン	2011/09/19作成
自律性因子と非自律性因子	2011/09/19作成
non-LTRレトロトランスポゾンの分類	2011/10/09作成
LTRレトロトランスポゾンの分類	2011/10/09作成

作成中

研究紹介

私、小島健司はレトロエレメント（逆転写酵素を持つ利己的遺伝因子）を中心として利己的遺伝因子自身の進化と利己的遺伝因子がもたらす生物の進化の両者を研究してきました｡究極的にはすべからく利己的である遺伝子同士がどのようにして共生して生命体を作り上げているのか、その根本原理を知りたいと思っています｡

研究内容を以下のように関連するテーマごとにまとめてみました。

1.転移因子の生存戦略としての標的配列特異性
2.遺伝子の小さな共生システムとしての可動性遺伝因子
3.遺伝子創出システムとしての転移因子
4.哺乳類ゲノムの構成員としての転移因子
5.転移因子に学ぶ翻訳機構

論文リスト＆リンク

• Original Papers
  

  [31] Kojima KK, Seto Y, Fujiwara H.
  	The wide distribution and change of target specificity of R2 non-LTR retrotransposons in animals. PLoS ONE., 2016 Sep 23;11(9): e0163496.
  	R2の分布域と標的配列特異性の消失・変化を解析した論文です。
  	Abstract	日本語要旨(PDF)	PDF(full text)	HTML(full text)
  [30] Kojima KK, Furuta Y, Yahara K, Fukuyo M, Shiwa Y, Nishiumi S, Yoshida M, Azuma T, Yoshikawa H, Kobayashi I.
  	Population evolution of Helicobacter pylori through diversification in DNA methylation and interstrain sequence homogenization. Mol. Biol. Evol., 2016; e-pub
  	日本のピロリ菌ゲノムを28株解読し制限修飾系と種内進化の関係を示した論文です。
  	Abstract	日本語要旨(PDF)	PDF(full text)	HTML(full text)
  [29] Uchiyama I, Albritton J, Fukuyo M, Kojima KK, Yahara K, Kobayashi I.
  	A novel approach to Helicobacter pylori pan-genome analysis for identification of genomic islands. PLoS ONE. 2016 Aug 9;11(8):e0159419. doi: 10.1371/journal.pone.0159419. eCollection 2016.
  	遺伝子の並び順を利用して可動性遺伝因子を見つける方法を報告した論文です。
  	Abstract	日本語要旨(PDF)	PDF(full text)	HTML(full text)
  [28] Lescot M, Hingamp P, Kojima KK, Villar E, Romac S, Veluchamy A, Boccara M, Jaillon O, Iudicone D, Bowler C, Wincker P, Claverie J-M, Ogata H.
  	Reverse transcriptase genes are highly abundant and transcriptionally active in marine plankton assemblages ISME Journal, 2016; 10(5):1134–1146
  	海洋メタゲノム解析の結果から、海洋プランクトンにおいて逆転写酵素遺伝子が非常に大きな割合を占めることを示した論文です。
  	Abstract	日本語要旨(PDF)	PDF(full text)	HTML(full text)
  [27] Kojima KK, Jurka J.
  	Ancient origin of the U2 small nuclear RNA gene-targeting non-LTR retrotransposons Utopia PLoS ONE, 2015; 10(11): e0140084
  	U2 snRNA遺伝子に特異的に挿入される転移因子Utopiaを動物、卵菌、アメーバから発見した論文です。
  	Abstract		PDF(full text)	HTML(full text)
  [26] Kojima KK, and Kobayashi I.
  	Transmission of PabI family of restriction DNA glycosylase genes: mobility and long-term inheritance BMC Genomics, 2015; 16:817
  	制限DNAグリコシラーゼPabIの可動性遺伝因子としての性質を解析した論文です。
  	Abstract		PDF(full text)	HTML(full text)
  [25] Kojima KK.
  	A new class of SINEs with snRNA gene-derived heads. Genome Biology and Evolution, 2015; 7: 1702-1712
  	ワニからsnRNA由来の5'領域を持つ新規のSINEグループを発見した論文です。
  	Abstract		PDF(full text)	HTML(full text)
  [24] Bao W, Kojima KK, Kohany O.
  	Repbase Update, a database of repetitive elements in eukaryotic genomes. Mobile DNA, 2015; 6:11
  	真核生物の反復配列データベースであるRepbaseの最新情報を記載した論文です。
  	Abstract		PDF(full text)	HTML(full text)
  [23] Suh A, Churakov G, Ramakodi MP, Platt RN 2nd, Jurka J, Kojima KK, Caballero J, Smit AF, Vliet KA, Hoffmann FG, Brosius J, Green RE, Braun EL, Ray DA, Schmitz J.
  	Multiple lineages of ancient CR1 retroposons shaped the early genome evolution of amniotes. Genome Biology and Evolution, 2014; 7:205-17.
  	有羊膜類の初期進化におけるCR1レトロトランスポゾンの影響を解析した論文です。
  	Abstract		PDF(full text)	HTML(full text)
  [22] Green RE, Braun EL, Armstrong J, Earl D, Nguyen N, Hickey G, Vandewege MW, St John JA, Capella-Gutiérrez S, Castoe TA, Kern C, Fujita MK, Opazo JC, Jurka J, Kojima KK, Caballero J, Hubley RM, Smit AF, Platt RN, Lavoie CA, Ramakodi MP, Finger JW Jr, Suh A, Isberg SR, Miles L, Chong AY, Jaratlerdsiri W, Gongora J, Moran C, Iriarte A, McCormack J, Burgess SC, Edwards SV, Lyons E, Williams C, Breen M, Howard JT, Gresham CR, Peterson DG, Schmitz J, Pollock DD, Haussler D, Triplett EW, Zhang G, Irie N, Jarvis ED, Brochu CA, Schmidt CJ, McCarthy FM, Faircloth BC, Hoffmann FG, Glenn TC, Gabaldón T, Paten B, Ray DA.
  	Three crocodilian genomes reveal ancestral patterns of evolution among archosaurs. Science, 2014 Dec 12;346(6215):1254449. doi: 10.1126/science.1254449. Epub 2014 Dec 11.
  	３種のワニゲノムを解読し、祖竜類の祖先ゲノムの特徴と進化パターンを推定した論文です。
  	Abstract		PDF(full text)	HTML(full text)
  [21] Chong AY, Kojima KK, Jurka J, Ray DA, Smit AFA, Isberg SR, Gongora J
  	Evolution and gene capture in ancient endogenous retroviruses-insights from the crocodilian genomes Retrovirology, 2014; 11:71.
  	ワニの内在性レトロウイルスを解析し、新グループERV4とERV4への宿主遺伝子取り込みの例を報告した論文です。
  	Abstract		PDF(full text)	HTML(full text)
  [20] Kojima KK and Jurka J.
  	A superfamily of DNA transposons targeting multicopy small RNA genes PLoS ONE, 2013; 8(7):e68260 Epub 2013 Jul 9
  	標的配列特異的に挿入する新規のDNAトランスポゾンスーパーファミリーDadaを報告した論文です。
  	Abstract		PDF(full text)	HTML(full text)
  [19] Jurka J, Bao W, Kojima KK, Kohany O and Yurka MG.
  	Distinct groups of repetitive families preserved in mammals correspond to different periods of regulatory innovations in vertebrates. Biology Direct, 2012; 7: 36. Epub 2012 Oct 25
  	転移因子の爆発的増殖の時期が、遺伝子制御系の革新的進化の時期と一致する事を示した論文です。
  	Abstract		PDF(full text)	HTML(full text)
  [18] Kojima KK, and Jurka J.
  	Crypton transposons: identification of new diverse families and ancient domestication events Mobile DNA, 2011; 2: 12. Epub 2011 Oct 18
  	マイナーな転移因子であるCryptonがヒトの6つの遺伝子の起源であることを示した論文です。
  	Abstract		PDF(full text)	HTML(full text)
  [17] Jurka J, Bao W, Kojima KK
  	Families of transposable elements, population structure and the origin of species. Biology Direct 2011; 6:44. Epub 2011 Sep 19.
  	転移因子の多様化と種分化の関係について新しい仮説を提示した論文です｡
  	Abstract		PDF(full text)	HTML(full text)
  [16] Cantu D, Govindarajulu M, Kozik A, Wang M, Chen X, Kojima KK, Jurka J, Michelmore RW, Dubcovsky J.
  	Next generation sequencing provides rapid access to the genes of wheat stripe rust. PLoS ONE, 2011; 6(8):e24230. Epub 2011 Aug 31.
  	重要な小麦の病原菌Puccinia striiformisのゲノムを次世代シーケンサーで解読した論文です｡
  	Abstract		PDF(full text)	HTML(full text)
  [15] Kojima KK, Kapitonov VV, Jurka J.
  	Recent expansion of a new Ingi-related clade of Vingi non-LTR retrotransposons in hedgehogs Molecular Biology and Evolution, 2011; 28 (1): 17-20 (E-pub 2010/08/17)
  	哺乳類で最近転移したnon-LTR retrotransposonとしてL1、RTEに次ぐ第3のグループであるVingiを報告した論文です｡
  	Abstract	日本語要旨(PDF)	PDF(full text)	HTML(full text)
  [14] Kojima KK.
  	Alu monomer revisited: Recent generation of Alu monomers Molecular Biology and Evolution, 2011; 28 (1): 13-15 (E-pub 2010/08/16)
  	最近でもAluの単量体が誕生していることを明らかにした論文です｡
  	Abstract	日本語要旨(PDF)	PDF(full text)	HTML(full text)
  [13] Kojima KK.
  	Different integration site structures between L1 protein-mediated retrotransposition in cis and retrotransposition in trans Mobile DNA, 2010; 1: 17
  	L1のタンパク質が触媒する転移はL1自身とその他のRNAで挿入位置の特徴が違うことを報告した論文です｡
  	Abstract	日本語要旨(PDF)	PDF(full text)	HTML(full text)
  [12] Kojima FN, Kojima KK, Kobayakawa S, Higashide N, Hamanaka C, Nitta A, Koeda I, Yamaguchi T, Shichiri M, Kohno S, and Kubota S.
  	Whole chromosome elimination and chromosome terminus elimination both contribute to somatic differentiation in Taiwanese hagfish Paramyxine sheni Chromosome Research, 2010; 18(3):383-400
  	Abstract	日本語要旨(PDF)	PDF(full text)	HTML(full text)
  [11] Kojima KK, and Okada N.
  	mRNA retrotransposition coupled with 5' inversion as a possible source of new genes Molecular Biology and Evolution, 2009; 26 (6): 1405-1420
  	L1のタンパク質がmRNAの5'側を逆転させて転移させることで新しい構造の遺伝子が誕生する可能性を示した論文です｡
  	Abstract	日本語要旨(PDF)	PDF(full text)	HTML(full text)
  [10] Kojima KK, and Kanehisa M.
  	Systematic survey for novel types of prokaryotic retroelements based on gene neighborhood and protein architecture Molecular Biology and Evolution, 2008; 25 (7): 1395-1404
  	遺伝子の組み合わせを指標に新規のレトロエレメントのグループを原核生物で多数報告した論文です｡
  	上の「75. 原核生物のレトロエレメント：遺伝子の組み合わせを指標に」でも紹介しています。
  	Abstract	日本語要旨(PDF)	PDF(full text)	HTML(full text)
  [9] Kojima KK, Kuma K, Toh H, and Fujiwara H.
  	Identification of rDNA-specific non-LTR retrotransposons in Cnidaria Molecular Biology and Evolution, 2006; 23 (10): 1984-1993
  	28S rRNA遺伝子に特異的に挿入されるR2と、R2に起源し18Sに挿入するR8を刺胞動物から報告した論文です｡
  	Abstract	日本語要旨(PDF)	PDF(full text)	HTML(full text)
  [8] Osanai M*, Kojima KK*, Futahashi R, Yaguchi S, and Fujiwara H. (* These authors made equal contributions to this work.)
  	Identification and characterization of the telomerase reverse transcriptase of Bombyx mori (silkworm) and Tribolium castaneum (flour beetle) Gene, 2006; 376 (2): 281-289
  	昆虫のテロメラーゼの初報告論文です｡
  	上の「31. 昆虫のテロメア維持機構(4)：テロメラーゼ」でも紹介しています。
  	Abstract	日本語要旨(PDF)	PDF(full text)	HTML(full text)
  [7] Kojima KK, and Fujiwara H.
  	Long-term inheritance of the 28S rDNA-specific retrotransposon R2 Molecular Biology and Evolution, 2005; 22 (11): 2157-2165
  	28S rRNA遺伝子に特異的に挿入されるR2が垂直伝播によって数億年維持されてきたことを示した論文です｡
  	Abstract	日本語要旨(PDF)	PDF(full text)	HTML(full text)
  [6] Kojima KK, Matsumoto T, and Fujiwara H.
  	Eukaryotic translational coupling in UAAUG stop-start codons for the bicistronic RNA translation of non-LTR retrotransposon SART1 Molecular and Cellular Biology, 2005; 25 (17): 7675-7686
  	SART1のRNAから2つのタンパク質が翻訳される機構がtranslational couplingであることを示した論文です｡
  	上の「17. Non-LTRレトロトランスポゾンの翻訳戦略：1本のRNAから2種類の蛋白質」でも紹介しています。
  	Abstract	日本語要旨(PDF)	PDF(full text)	HTML(full text)
  [5] Kojima KK, and Fujiwara H.
  	An extraordinary retrotransposon family encoding dual endonucleases Genome Research, 2005; 15 (8): 1106-1117
  	2つのエンドヌクレアーゼドメインを持つnon-LTR retrotransposon Dualenの報告論文です｡
  	上の「6. 二刀流のnon-LTRレトロトランスポゾン：Dualen」でも紹介しています。
  	Abstract	日本語要旨(PDF)	PDF(full text)	HTML(full text)
  [4] Osanai M, Takahashi H, Kojima KK, Hamada M, and Fujiwara H.
  	Essential motifs in the 3' untranslated region required for retrotransposition and the precise start of reverse transcription in non-long-terminal-repeat retrotransposon SART1 Molecular and Cellular Biology, 2004; 24(18): 7902-7913
  	SART1の3' UTRから転移の際に鋳型RNAとして認識されるのに必要な配列を明らかにした論文です｡
  	Abstract	日本語要旨(PDF)	PDF(full text)	HTML(full text)
  [3] Kojima KK, and Fujiwara H.
  	Cross-genome screening of novel sequence-specific non-LTR retrotransposons: various multicopy RNA genes and microsatellites are selected as targets Molecular Biology and Evolution, 2004; 21(2): 207-217
  	節足動物で知られていた28S rRNA遺伝子に特異的に挿入されるR2を脊椎動物から初めて報告した論文です｡
  	Abstract	日本語要旨(PDF)	PDF(full text)	HTML(full text)
  [2] Kojima KK, and Fujiwara H.
  	Evolution of target specificity in R1 clade non-LTR retrotransposons Molecular Biology and Evolution, 2003; 20(3): 351-361
  	28S rRNA遺伝子に特異的に挿入されるR1の仲間が様々な反復配列にそれぞれ特異的に挿入されることを示した論文です｡
  	Abstract	日本語要旨(PDF)	PDF(full text)	HTML(full text)
  [1] Kojima KK, Kubo Y, and Fujiwara H.
  	Complex and tandem repeat structure of subtelomeric regions in the Taiwan cricket, Teleogryllus taiwanemma. Journal of Molecular Evolution, 2002; 54(4): 474-485
  	タイワンエンマコオロギのサブテロメア構造を報告した論文です｡
  	Abstract	日本語要旨(PDF)	PDF(full text)	HTML(full text)

• Review Papers

  [2] Jurka J, Bao W, Kojima K, and Kapitonov VV.
  	Repetitive Elements: Bioinformatic Identification, Classification and Analysis. Encyclopedia of Life Science. 2011. DOI: 10.1002/9780470015902.a0005270
  	反復配列の同定方法をRepbaseの場合を主にまとめた総説です。
  	Abstract	日本語要旨(PDF)	PDF(full text)	HTML(full text)
  [1] Fujiwara H, Osanai M, Matsumoto T, and Kojima KK
  	Telomere-specific non-LTR retrotransposons and telomere maintenance in the silkworm, Bombyx mori. Chromosome Research, 2005;13(5):455-67.
  	昆虫のテロメア維持機構をカイコを中心にまとめた総説です。
  	Abstract	日本語要旨(PDF)	PDF(full text)	HTML(full text)

学会・研究会発表リスト

英語のタイトルは英語での発表、日本語のタイトルは日本語での発表です。発表者のもののみ。

2016
小島健司、古田芳一、矢原耕史、福世真樹、志波優、西海信、吉田優、東健、吉川博文、小林一三
	制限修飾系の違いを超えて水平伝播する遺伝情報はピロリ菌の種分化を妨げている？（1PS11-1） シンポジウム1PS11:「遺伝情報の水平移動」 第39回日本分子生物学会年会, 2016年11月30日〜12月2日, 横浜
Kojima KK, Weidong Bao, Oleksiy Kohany
	Repbase: a comprehensive database of eukaryotic repeat sequences 第18回日本進化学会大会, 2016年８月25日〜28日, 東京
小島健司
	Repbase に見る真核転移因子の多様性 ワークショップW4:「利己的な遺伝因子の進化学」 第18回日本進化学会大会, 2016年８月25日〜28日, 東京
小島健司、古田芳一、矢原耕史、福世真樹、志波優、西海信、吉田優、東健、吉川博文、小林一三
	エピゲノムとゲノムは独立に進化できるか？（1O1-5(1P-14)） 第10回日本ゲノム微生物学会年会, 2016年03月04日〜05日, 東京
Kojima KK, Bao W, Jurka J
	Repbase: a comprehensive database of eukaryotic repeat sequences PAG (Plant and Animal Genome) XXIV, San Diego, Jan 09-13
2015
小島健司
	ワニゲノム解読から明らかになった内在性レトロウイルスの多様性 ワークショップ「ゲノムに組み込まれたウイルス：その機能と進化」 BMB2015, 2015年12月01日〜04日, 神戸
小島健司（小林一三代理）
	発がんピロリ菌の進化：PacBioマシンによる比較ゲノミクス・メチロミクス ゲノム支援拡大班会議, 2015年８月27日〜28日, 京都
小島健司、小林一三
	塩基切り出し型制限酵素修飾酵素系の進化と人類移動史 第17回日本進化学会大会, 2015年８月20日〜23日, 東京
小島健司
	ワニゲノム解読から明らかになった内在性レトロウイルスの多様性 ワークショップ「大規模配列解析が明らかにするウイルスと進化」 第17回日本進化学会大会, 2015年８月20日〜23日, 東京
Kojima KK
	A new class of SINEs with snRNA gene-derived heads FASEB Summer Research Conference "Mobile DNA in Mammalian Genomes", Palm Beach, June 14-18
Kojima KK, Bao W, Jurka J
	Repbase: A comprehensive database of eukaryotic repeat sequences 42st IMSUT Founding Commemorative Symposium, Tokyo, June 1-2
小島健司
	CpG decayから見たヒトとアカゲザルのCpG メチル化活性 第9回日本エピジェネティクス研究会, 2015年5月25日〜26日, 東京
小島健司, Bao W, Jurka J
	真核生物反復配列データベースRepbase 第9回日本ゲノム微生物学会, 2015年3月06日〜08日, 神戸
小島健司
	転移因子の標的配列特異性ーその普遍性と多様性ー 2014年度遺伝研研究会「転移因子と宿主の相互作用による生命進化」, 2015年2月26日〜27日, 三島
2012
Kojima KK, Jurka J
	Dada - a new superfamily of DNA transposons targeting small RNA genes Fujihara Seminar 2012 "A new horizon of retroposon research", Kyoto, July 31-Aug 03
Kojima KK, Jurka J
	Dada - a new superfamily of DNA transposons interrupting small RNA genes 3rd International Conference/Workshop "Genomic Impact of Eukaryotic Transposable Elements", Pacific Grove, February 24-28
2011
小島健司, Jurka J
	チロシンリコンビナーゼを持つ転移因子Cryptonの太古の“家畜”化 Japanese San Francisco Bay Area Seminar Annual Meeting 2011, 2011年10月8日, San Francisco
Kojima KK, Jurka J
	Ancient Domestication of Tyrosine Recombinase-encoding Crypton Family of DNA Transposons 2011 Genomic Sciences Research Complex (GSC) Tanabata Meeting, Yokohama, Japan, August 25
Kojima KK, Jurka J
	Ancient Domestication of Tyrosine Recombinase-encoding Crypton Family of DNA Transposons Young Researchers Conference on Evolutionary Genomics, Tokyo, Japan, August 1-2
Kojima KK, Jurka J
	Ancient Domestication of Tyrosine Recombinase-encoding Crypton Family of DNA Transposons SMBE2011, Kyoto, Japan, July 26-30, "Workshop 2: Reverse transcriptase as an evolutionary force"

2010年以前▼

2010
小島健司, Kapitonov VV, Jurka J
	ハリネズミゲノムからの新規レトロトランスポゾンVingiの発見 Japanese San Francisco Bay Area Seminar Annual Meeting 2010, 2010年10月2日, San Francisco
2009
小島健司, 岡田典弘
	異常な転移に由来する大規模な配列変化が新しいレトロトランスポゾンを作る 第81回日本遺伝学会, 2009年9月16日〜18日, 松本
小島健司, 岡田典弘
	異常な転移に由来する大規模な配列変化が新しいレトロトランスポゾンを作る 第11回日本進化学会, 2009年9月2日〜4日, 札幌
Kojima KK and Okada N
	Different integration site structures between L1 protein-mediated retrotransposition in cis and in trans 2009 FASEB Summer Research Conference "Mobile Elements in Mammalian Genomes", Snowmass Village, Colorado, USA, July 5-10
小島健司, 岡田典弘
	種特異的な挿入の解析から見えてきた5’欠失を伴うL1の転移機構 日本分子生物学会第9回春季シンポジウム, 2009年5月11日〜12日, 宮崎
2008
小島健司, 岡田典弘
	逆位を伴ったmRNA転移による新規遺伝子の誕生 第31回日本分子生物学会第81回日本生化学会合同大会(BMB2008), 2008年12月9日〜12日, 神戸
小島健司, 岡田典弘
	逆位を伴ったmRNA転移の発見と遺伝子創出の可能性の検討 第80回日本遺伝学会, 2008年9月3日〜5日, 名古屋
小島健司, 岡田典弘
	逆位を伴ったmRNA転移が新しい遺伝子を創る？ 第10回日本進化学会, 2008年8月22日〜8月24日, 東京（駒場）
小島健司, 岡田典弘
	逆位を伴ったmRNA転移とその遺伝子創出の可能性 日本分子生物学会第8回春季シンポジウム, 2008年5月26日〜27日, 札幌
2007
小島健司, 金久實
	遺伝子の組み合わせに基づく原核生物新規レトロエレメントの探索 第30回日本分子生物学会第80回日本生化学会合同大会, 2007年12月11日〜15日, 横浜
小島健司, 金久實
	遺伝子の組み合わせに基づく原核生物新規レトロエレメントの探索 第79回日本遺伝学会, 2007年9月19日〜21日, 岡山
小島健司, 金久實
	遺伝子の組み合わせに基づく原核生物新規レトロエレメントの探索 第9回日本進化学会, 2007年8月31日〜9月2日, 京都
Kojima KK, Kanehisa M, and Okada N
	Identification of Novel Types of Prokaryotic Retroelements based on Gene Neighborhood and Protein Architecture 2007 FASEB Summer Research Conference “Mobile Elements in Mammalian Genomes”, Tucson, Arizona, USA, June 2-7
2006
Kojima KK and Kanehisa M
	Identification of Novel Types of Prokaryotic Retroelements based on Gene Neighborhood and Protein Architecture The 17th International Conference on Genome Informatics (GIW2006), Yokohama, December 18-20, 2006
小島健司, 隈啓一, 藤博幸, 藤原晴彦
	刺胞動物のリボソームRNA遺伝子特異的レトロトランスポゾン 第8回日本進化学会, 2006年8月30日〜31日, 東京
2005
小島健司, 松本匠, 藤原晴彦
	Non-LTRレトロトランスポゾンSART1のORF2蛋白質は翻訳共役(translational coupling)によって翻訳される 第28回日本分子生物学会, 2005年12月8日, 福岡
小島健司, 藤原晴彦
	Dualen：２つのエンドヌクレアーゼを持つ特異なレトロトランスポゾン 第77回日本遺伝学会, 2005年9月28日, 東京
小島健司, 藤原晴彦
	リボソーマルRNA遺伝子中にのみ転移するレトロトランスポゾンR2の分布と進化 第7回日本進化学会, 2005年8月28日, 仙台
2004
小島健司, 藤原晴彦
	28S rDNAに特異的に挿入されるnon-LTRレトロトランスポゾンR2の動物門をまたがる分布と進化 第76回日本遺伝学会, 2004年9月28日, 大阪
小島健司, 藤原晴彦
	二種類のエンドヌクレアーゼを持つ二刀流のレトロトランスポゾン 第6回日本進化学会, 2004年8月6日, 東京
2003
Kojima KK and Fujiwara H
	Three groups of LINEs independently evolved different sequence-specificity XIX International Congress of Genetics, Melbourne, July 6-11
2002
小島健司, 藤原晴彦
	LINEの標的配列特異性の収斂進化 第25回日本分子生物学会, 2002年12月11日〜12日, 横浜
2001
小島健司, 藤原晴彦
	レトロトランスポゾンの標的配列特異性の進化 第24回日本分子生物学会, 2001年12月10日, 横浜
2000
小島健司, 藤原晴彦
	RNAi によるカイコ培養細胞でのEcdysteroid Signal Cascadeの解析 第23回日本分子生物学会, 2000年12月14日, 神戸
小島健司, 久保葉子, 升井伸治, 藤原晴彦
	コオロギに見つかった新たなサブテロメア構造 第70回日本蚕糸学会, 2000年4月4日, 東京

セミナー・講義リスト

2016
小島健司
	ジャンクDNAから掘り出し物を探す〜転移因子の生物学〜 2016年7月15日, 東京大学新領域創成科学研究科先端生命科学専攻「生命科学概論」
Kenji K. Kojima
	Selfish genetic elements and cellular evolution Feb. 26, 2016, RIKEN (Wako Campus), Japan
2015
Kenji K. Kojima
	Selfish Genetic Elements: Symbiosis and Parasitism Nov. 10, 2015, National Cheng Kung University (国立成功大学), Taiwan
小島健司
	転移因子の標的配列特異性—その普遍性と多様性— 2015年3月9日, 神戸大学
	転移因子の標的配列特異性—その普遍性と多様性— 2015年1月29日, 東京大学
2014
	感染（うつ）る･遷（うつ）る･移（うつ）る〜ウイルスと転移因子の境界〜 2014年12月18日, JT生命誌研究館

ワークショップ・シンポジウム・研究集会オーガナイザー

2016
	1PS11:「遺伝情報の水平移動」 11月30日(水)13:00–15:15 第39回日本分子生物学会年会, 2016年11月30日〜12月2日, 横浜
	W4:「利己的な遺伝因子の進化学」 8月26日(金)13:40–16:40 第18回日本進化学会大会, 2016年８月25日〜28日, 東京
2015
	1W12-p:「ゲノムに組み込まれたウイルス:その機能と進化」 12月1日(金)14:00–16:30 BMB2015, 2015年12月1日〜4日, 横浜

最近の話題

ここでは利己的遺伝因子に関係する複数の論文をまとめて紹介します。

95.	REPという反復配列：REPtronとRAYT	全文(PDF)/紹介論文▼	2014/05/07
	keywords: REP, BIME, REPtron, RAYT, Y1 transposase, IS200/US605, TIRtron
	Nunvar J, Huckova T, Licha I. Identification and characterization of repetitive extragenic palindromes (REP)-associated tyrosine transposases: implications for REP evolution and dynamics in bacterial genomes. BMC Genomics. 2010 Jan 19;11:44. doi: 10.1186/1471-2164-11-44. Bertels F, Rainey PB. Within-genome evolution of REPINs: a new family of miniature mobile DNA in bacteria. PLoS Genet. 2011 Jun;7(6):e1002132. doi:10.1371/journal.pgen.1002132. Epub 2011 Jun 16. Ton-Hoang B, Siguier P, Quentin Y, Onillon S, Marty B, Fichant G, Chandler M. Structuring the bacterial genome: Y1-transposases associated with REP-BIME sequences. Nucleic Acids Res. 2012 Apr;40(8):3596-609. doi: 10.1093/nar/gkr1198. Epub 2011 Dec 22. Messing SA, Ton-Hoang B, Hickman AB, McCubbin AJ, Peaslee GF, Ghirlando R, Chandler M, Dyda F. The processing of repetitive extragenic palindromes: the structure of a repetitive extragenic palindrome bound to its associated nuclease. Nucleic Acids Res. 2012 Oct;40(19):9964-79. doi: 10.1093/nar/gks741. Epub 2012 Aug 9. Di Nocera PP, De Gregorio E, Rocco F. GTAG- and CGTC-tagged palindromic DNA repeats in prokaryotes. BMC Genomics. 2013 Jul 31;14:522. doi: 10.1186/1471-2164-14-522.
94.	ウイルスに寄生するウイルスとプラスミド： virophage, transpoviron	全文(PDF)/紹介論文▼	2014/05/02
	keywords: virophage, transpoviron, mimivirus, Polinton
	La Scola B, Desnues C, Pagnier I, Robert C, Barrassi L, Fournous G, Merchat M, Suzan-Monti M, Forterre P, Koonin E, Raoult D. The virophage as a unique parasite of the giant mimivirus. Nature. 2008 Sep 4;455(7209):100-4. doi: 10.1038/nature07218. Fischer MG, Suttle CA. A virophage at the origin of large DNA transposons. Science. 2011 Apr 8;332(6026):231-4. doi: 10.1126/science.1199412. Epub 2011 Mar 3. Yau S, Lauro FM, DeMaere MZ, Brown MV, Thomas T, Raftery MJ, Andrews-Pfannkoch C, Lewis M, Hoffman JM, Gibson JA, Cavicchioli R. Virophage control of antarctic algal host-virus dynamics. Proc Natl Acad Sci U S A. 2011 Apr 12;108(15):6163-8. doi: 10.1073/pnas.1018221108. Epub 2011 Mar 28. Desnues C, La Scola B, Yutin N, Fournous G, Robert C, Azza S, Jardot P, Monteil S, Campocasso A, Koonin EV, Raoult D. Provirophages and transpovirons as the diverse mobilome of giant viruses. Proc Natl Acad Sci U S A. 2012 Oct 30;109(44):18078-83. doi: 10.1073/pnas.1208835109. Epub 2012 Oct 15. Yutin N, Raoult D, Koonin EV. Virophages, polintons, and transpovirons: a complex evolutionary network of diverse selfish genetic elements with different reproduction strategies. Virol J. 2013 May 23;10:158. doi: 10.1186/1743-422X-10-158.
93.	HDV型リボザイムとNon-LTR retrotransposon	全文(PDF)/紹介論文▼	2014/02/10
	keywords: HDV, ribozyme, non-LTR retrotransposon, IRES, R2, L1Tc
	Webb CH, Riccitelli NJ, Ruminski DJ, Lupták A. Widespread occurrence of self-cleaving ribozymes. Science. 2009 Nov 13;326(5955):953. doi: 10.1126/science.1178084. Eickbush DG, Eickbush TH. R2 retrotransposons encode a self-cleaving ribozyme for processing from an rRNA cotranscript. Mol Cell Biol. 2010 Jul;30(13):3142-50. doi: 10.1128/MCB.00300-10. Epub 2010 Apr 26. Sánchez-Luque FJ, López MC, Macias F, Alonso C, Thomas MC. Identification of an hepatitis delta virus-like ribozyme at the mRNA 5'-end of the L1Tc retrotransposon from Trypanosoma cruzi. Nucleic Acids Res. 2011 Oct;39(18):8065-77. doi: 10.1093/nar/gkr478. Epub 2011 Jun 30. Ruminski DJ, Webb CH, Riccitelli NJ, Lupták A. Processing and translation initiation of non-long terminal repeat retrotransposons by hepatitis delta virus (HDV)-like self-cleaving ribozymes. J Biol Chem. 2011 Dec 2;286(48):41286-95. doi: 10.1074/jbc.M111.297283. Epub 2011 Oct 12.
92.	結晶構造から見るY1 transposase: IS608, SSO1474, ISDra2	全文(PDF)/紹介論文▼	2014/01/29
	keywords: Y1 transposase, IS200/605
	Ronning DR, Guynet C, Ton-Hoang B, Perez ZN, Ghirlando R, Chandler M, Dyda F. Active site sharing and subterminal hairpin recognition in a new class of DNA transposases. Mol Cell. 2005 Oct 7;20(1):143-54. Lee HH, Yoon JY, Kim HS, Kang JY, Kim KH, Kim DJ, Ha JY, Mikami B, Yoon HJ, Suh SW. Crystal structure of a metal ion-bound IS200 transposase. J Biol Chem. 2006 Feb 17;281(7):4261-6. Epub 2005 Dec 11. Hickman AB, James JA, Barabas O, Pasternak C, Ton-Hoang B, Chandler M, Sommer S, Dyda F. DNA recognition and the precleavage state during single-stranded DNA transposition in D. radiodurans. EMBO J. 2010 Nov 17;29(22):3840-52. doi: 10.1038/emboj.2010.241. Epub 2010 Oct 1.
91.	泡沫候補ではない？：Endogenous foamy viruses	全文(PDF)/紹介論文▼	2013/03/01
	keywords: endogenous retrovirus, foamy virus, spumavirus
	Katzourakis A, Gifford RJ, Tristem M, Gilbert MT, Pybus OG. Macroevolution of complex retroviruses. Science. 2009 Sep 18;325(5947):1512. Han GZ, Worobey M. An endogenous foamy virus in the aye-aye (Daubentonia madagascariensis). J Virol. 2012 Jul;86(14):7696-8. Epub 2012 May 9. Han GZ, Worobey M. An endogenous foamy-like viral element in the coelacanth genome. PLoS Pathog. 2012 Jun;8(6):e1002790.
90.	リボソーム RNA 遺伝子の増幅と転移因子由来タンパク質 Fob1	全文(PDF)/紹介論文▼	2011/06/10
	keywords: ribosomal RNA, rDNA, fob1, copy number, transcription, integrase
	Kobayashi T, Horiuchi T. A yeast gene product, Fob1 protein, required for both replication fork blocking and recombinational hotspot activities. Genes Cells. 1996 May;1(5):465-474. Kobayashi T, Heck DJ, Nomura M, Horiuchi T. Expansion and contraction of ribosomal DNA repeats in Saccharomyces cerevisiae: requirement of replication fork blocking (Fob1) protein and the role of RNA polymerase I. Genes Dev. 1998 Dec 15;12(24):3821-3830. Takeuchi Y, Horiuchi T, Kobayashi T. Transcription-dependent recombination and the role of fork collision in yeast rDNA. Genes Dev. 2003 Jun 15;17(12):1497-1506. Kobayashi T. The replication fork barrier site forms a unique structure with Fob1p and inhibits the replication fork. Mol Cell Biol. 2003 Dec;23(24):9178-9188. Gao X, Voytas DF. A eukaryotic gene family related to retroelement integrases. Trends Genet. 2005 Mar;21(3):133-137.
89.	転移因子の転写と複製の状態をSETする：ATXR5とATXR6	全文(PDF)/紹介論文▼	2011/04/20
	keywords: SET domain, histone H3, H3K27 methylation
	Jacob Y, Feng S, LeBlanc CA, Bernatavichute YV, Stroud H, Cokus S, Johnson LM, Pellegrini M, Jacobsen SE, Michaels SD. ATXR5 and ATXR6 are H3K27 monomethyltransferases required for chromatin structure and gene silencing. Nat Struct Mol Biol. 2009 Jul;16(7):763-8. Epub 2009 Jun 7. acob Y, Stroud H, Leblanc C, Feng S, Zhuo L, Caro E, Hassel C, Gutierrez C, Michaels SD, Jacobsen SE. Regulation of heterochromatic DNA replication by histone H3 lysine 27 methyltransferases. Nature. 2010 Aug 19;466(7309):987-91. Epub 2010 Jul 14.
88.	家畜の家畜化された転移酵素：ZBED6/MGR	全文(PDF)/紹介論文▼	2011/04/10
	keywords: ZBED6, MGR, hAT, transposase, IGF2
	Markljung E, Jiang L, Jaffe JD, Mikkelsen TS, Wallerman O, Larhammar M, Zhang X, Wang L, Saenz-Vash V, Gnirke A, Lindroth AM, Barres R, Yan J, Stromberg S, De S, Ponten F, Lander ES, Carr SA, Zierath JR, Kullander K, Wadelius C, Lindblad-Toh K, Andersson G, Hjalm G, Andersson L. ZBED6, a novel transcription factor derived from a domesticated DNA transposon regulates IGF2 expression and muscle growth. PLoS Biol. 2009 Dec;7(12):e1000256. Epub 2009 Dec 15. Butter F, Kappei D, Buchholz F, Vermeulen M, Mann M. A domesticated transposon mediates the effects of a single-nucleotide polymorphism responsible for enhanced muscle growth. EMBO Rep. 2010 Apr;11(4):305-11. Epub 2010 Feb 5.
87.	性転換機構の転換：HO、α3	全文(PDF)/紹介論文▼	2011/03/30
	keywords: sex, homing endonuclease, MuDR, transposase
	Barsoum E, Martinez P, Astrom SU. Alpha3, a transposable element that promotes host sexual reproduction. Genes Dev. 2010 Jan 1;24(1):33-44. Epub 2009 Dec 15. Rusche LN, Rine J. Switching the mechanism of mating type switching: a domesticated transposase supplants a domesticated homing endonuclease. Genes Dev. 2010 Jan 1;24(1):10-4.
86.	イントロンとホーミングエンドヌクレアーゼはどう出会った？	全文(PDF)/紹介論文▼	2011/03/10
	keywords: self-splicing intron, homing endonuclease, collaborative homing, phage
	Bonocora RP, Shub DA. A likely pathway for formation of mobile group I introns. Curr Biol. 2009 Feb 10;19(3):223-8. PubMed PMID: 19200727; PubMed Central PMCID: PMC2856452. Zeng Q, Bonocora RP, Shub DA. A free-standing homing endonuclease targets an intron insertion site in the psbA gene of cyanophages. Curr Biol. 2009 Feb 10;19(3):218-22. PubMed PMID: 19200728.
85.	Save Our Ship (SOS)：integron、接合プラスミド、ICE	全文(PDF)/紹介論文▼	2011/02/20
	keywords: SOS response, integron, integrase, conjugative plasmid, ICE
	Guerin E, Cambray G, Sanchez-Alberola N, Campoy S, Erill I, Da Re S, Gonzalez-Zorn B, Barbe J, Ploy MC, Mazel D. The SOS response controls integron recombination. Science. 2009 May 22;324(5930):1034. Baharoglu Z, Bikard D, Mazel D. Conjugative DNA transfer induces the bacterial SOS response and promotes antibiotic resistance development through integron activation. PLoS Genet. 2010 Oct 21;6(10):e1001165.
84.	出“X”記あるいは出“精巣”記：retrogene	全文(PDF)/紹介論文▼	2011/02/10
	keywords: retrogene, retrocopy, processed pseudogene, L1, retrotransposition, X chromosome
	Bradley J, Baltus A, Skaletsky H, Royce-Tolland M, Dewar K, Page DC. An X-to-autosome retrogene is required for spermatogenesis in mice. Nat Genet. 2004 Aug;36(8):872-6. Rohozinski J, Bishop CE. The mouse juvenile spermatogonial depletion (jsd) phenotype is due to a mutation in the X-derived retrogene, mUtp14b. Proc Natl Acad Sci U S A. 2004 Aug 10;101(32):11695-700. Zhao M, Rohozinski J, Sharma M, Ju J, Braun RE, Bishop CE, Meistrich ML. Utp14b: a unique retrogene within a gene that has acquired multiple promoters and a specific function in spermatogenesis. Dev Biol. 2007 Apr 15;304(2):848-59. Emerson JJ, Kaessmann H, Betrán E, Long M. Extensive gene traffic on the mammalian X chromosome. Science. 2004 Jan 23;303(5657):537-40. Marques AC, Dupanloup I, Vinckenbosch N, Reymond A, Kaessmann H. Emergence of young human genes after a burst of retroposition in primates. PLoS Biol. 2005 Nov;3(11):e357. Vinckenbosch N, Dupanloup I, Kaessmann H. Evolutionary fate of retroposed gene copies in the human genome. Proc Natl Acad Sci U S A. 2006 Feb 28;103(9):3220-5. Burki F, Kaessmann H. Birth and adaptive evolution of a hominoid gene that supports high neurotransmitter flux. Nat Genet. 2004 Oct;36(10):1061-3.
83.	転移因子から転写因子へ：DAYSLEEPER, FHY3, and FAR1	全文(PDF)/紹介論文▼	2011/01/30
	keywords: DNA transposon, hAT, MuDR, domestication, transposase, transcription factor
	Bundock P, Hooykaas P. An Arabidopsis hAT-like transposase is essential for plant development. Nature. 2005 Jul 14;436(7048):282-4. Lin R, Ding L, Casola C, Ripoll DR, Feschotte C, Wang H. Transposase-derived transcription factors regulate light signaling in Arabidopsis. Science. 2007 Nov 23;318(5854):1302-5. Erratum in: Science. 2007 Dec 21;318(5858):1866. Lin R, Teng Y, Park HJ, Ding L, Black C, Fang P, Wang H. Discrete and essential roles of the multiple domains of Arabidopsis FHY3 in mediating phytochrome A signal transduction. Plant Physiol. 2008 Oct;148(2):981-92. Epub 2008 Aug 20.
82.	他（TA）者を排除する転移因子と大核形成：PiggyMac, TPB2, and TBE	全文(PDF)/紹介論文▼	2011/01/20
	keywords: DNA transposon, ciliate, piggyBac, TBE, macronucleus, micronucleus
	Baudry C, Malinsky S, Restituito M, Kapusta A, Rosa S, Meyer E, Betermier M. PiggyMac, a domesticated piggyBac transposase involved in programmed genome rearrangements in the ciliate Paramecium tetraurelia. Genes Dev. 2009 Nov 1;23(21):2478-83. Cheng CY, Vogt A, Mochizuki K, Yao MC. A domesticated piggyBac transposase plays key roles in heterochromatin dynamics and DNA cleavage during programmed DNA deletion in Tetrahymena thermophila. Mol Biol Cell. 2010 May 15;21(10):1753-62. Epub 2010 Mar 31. Nowacki M, Higgins BP, Maquilan GM, Swart EC, Doak TG, Landweber LF. A functional role for transposases in a large eukaryotic genome. Science. 2009 May 15;324(5929):935-8. Epub 2009 Apr 16.
81.	Relics of RELIKs：endogenous lentiviruses	全文(PDF)/紹介論文▼	2011/01/10
	keywords: endogenous retrovirus, lentivirus
	Katzourakis A, Tristem M, Pybus OG, Gifford RJ. Discovery and analysis of the first endogenous lentivirus. Proc Natl Acad Sci U S A. 2007 Apr 10;104(15):6261-5. Epub 2007 Mar 23. Gifford RJ, Katzourakis A, Tristem M, Pybus OG, Winters M, Shafer RW. A transitional endogenous lentivirus from the genome of a basal primate and implications for lentivirus evolution. Proc Natl Acad Sci U S A. 2008 Dec 23;105(51):20362-7. Epub 2008 Dec 15.
80.	脊椎動物ゲノムの中のRNAウイルス化石	全文(PDF)/紹介論文▼	2010/12/23（2011/01/05加筆）
	keywords: RNA virus, bornavirus, processed pseudogene, reverse transcription
	Horie M, Honda T, Suzuki Y, Kobayashi Y, Daito T, Oshida T, Ikuta K, Jern P, Gojobori T, Coffin JM, Tomonaga K. Endogenous non-retroviral RNA virus elements in mammalian genomes. Nature. 2010 Jan 7;463(7277):84-7. Belyi VA, Levine AJ, Skalka AM. Unexpected inheritance: multiple integrations of ancient bornavirus and ebolavirus/marburgvirus sequences in vertebrate genomes. PLoS Pathog. 2010 Jul 29;6(7):e1001030. Katzourakis A, Gifford RJ. Endogenous viral elements in animal genomes. PLoS Genet. 2010 Nov 18;6(11):e1001191.
79.	Non-LTR retrotransposon の group と clade のリスト	全文(PDF)/紹介論文▼	2010/12/13
	keywords: non-LTR retrotransposon
78.	ゾロの傷痕：The Mark of Zorro	全文(PDF)/紹介論文▼	2010/01/09
	keywords: non-LTR retrotransposon, L1, Zorro
	Goodwin TJ, Ormandy JE, Poulter RT. L1-like non-LTR retrotransposons in the yeast Candida albicans. Curr Genet. 2001 Apr;39(2):83-91. PubMed PMID: 11405100. Goodwin TJ, Busby JN, Poulter RT. A yeast model for target-primed (non-LTR) retrotransposition. BMC Genomics. 2007 Aug 3;8:263. PubMed PMID: 17683538; PubMed Central PMCID: PMC1965478. Dong C, Poulter RT, Han JS. LINE-like retrotransposition in Saccharomyces cerevisiae. Genetics. 2009 Jan;181(1):301-11. Epub 2008 Oct 28. PubMed PMID: 18957700; PubMed Central PMCID: PMC2621178.
77.	合体してレトロウイルスと戦う：TRIMCyp	全文(PDF)/紹介論文▼	2009/06/16
	keywords: retrovirus, TRIM5alpha
	Sayah DM, Sokolskaja E, Berthoux L, Luban J. Cyclophilin A retrotransposition into TRIM5 explains owl monkey resistance to HIV-1. Nature. 2004 Jul 29;430(6999):569-73. Epub 2004 Jul 7. Nisole S, Lynch C, Stoye JP, Yap MW. A Trim5-cyclophilin A fusion protein found in owl monkey kidney cells can restrict HIV-1. Proc Natl Acad Sci U S A. 2004 Sep 7;101(36):13324-8. Epub 2004 Aug 23. Liao CH, Kuang YQ, Liu HL, Zheng YT, Su B. A novel fusion gene, TRIM5-Cyclophilin A in the pig-tailed macaque determines its susceptibility to HIV-1 infection. AIDS. 2007 Dec;21 Suppl 8:S19-26. Wilson SJ, Webb BL, Ylinen LM, Verschoor E, Heeney JL, Towers GJ. Independent evolution of an antiviral TRIMCyp in rhesus macaques. Proc Natl Acad Sci U S A. 2008 Mar 4;105(9):3557-62. Epub 2008 Feb 19. Virgen CA, Kratovac Z, Bieniasz PD, Hatziioannou T. Independent genesis of chimeric TRIM5-cyclophilin proteins in two primate species. Proc Natl Acad Sci U S A. 2008 Mar 4;105(9):3563-8. Epub 2008 Feb 19. Brennan G, Kozyrev Y, Hu SL. TRIMCyp expression in Old World primates Macaca nemestrina and Macaca fascicularis. Proc Natl Acad Sci U S A. 2008 Mar 4;105(9):3569-74. Epub 2008 Feb 19. Newman RM, Hall L, Kirmaier A, Pozzi LA, Pery E, Farzan M, O'Neil SP, Johnson W. Evolution of a TRIM5-CypA splice isoform in old world monkeys. PLoS Pathog. 2008 Feb 29;4(2):e1000003. Stoye JP, Yap MW. Chance favors a prepared genome. Proc Natl Acad Sci U S A. 2008 Mar 4;105(9):3177-8. Epub 2008 Feb 25.
76.	宇宙からの侵略者：SPACE INVADERS	全文(PDF)/紹介論文▼	2009/06/08
	keywords: DNA transposon, horizontal transfer
	Pace JK 2nd, Gilbert C, Clark MS, Feschotte C. Repeated horizontal transfer of a DNA transposon in mammals and other tetrapods. Proc Natl Acad Sci U S A. 2008 Nov 4;105(44):17023-8. Epub 2008 Oct 20.
75.	原核生物のレトロエレメント：遺伝子の組み合わせを指標に	全文(PDF)/紹介論文▼	2009/05/13
	keywords: retroelement, prokaryote, CRISPR/Cas system
	Kojima KK, Kanehisa M. Systematic survey for novel types of prokaryotic retroelements based on gene neighborhood and protein architecture. Mol Biol Evol. 2008 Jul;25(7):1395-404. Epub 2008 Apr 7. Simon DM, Zimmerly S. A diversity of uncharacterized reverse transcriptases in bacteria. Nucleic Acids Res. 2008 Dec;36(22):7219-29. Epub 2008 Nov 12.
74.	トランスポゾン対レトロトランスポゾン？：CENP-B	全文(PDF)/紹介論文▼	2009/03/23
	keywords: DNA transposon, LTR retrotransposon, CENP-B
	Casola C, Hucks D, Feschotte C. Convergent Domestication of pogo-like Transposases into Centromere-Binding Proteins in Fission Yeast and Mammals. Mol Biol Evol. 2008 Jan;25(1):29-41. Cam HP, Noma K, Ebina H, Levin HL, Grewal SI. Host genome surveillance for retrotransposons by transposon-derived proteins. Nature. 2008 Jan 24;451(7177):431-6.
73.	そして誰もいなくなった：ヒトゲノムの中のDNAトランスポゾン	全文(PDF)/紹介論文▼	2009/03/12
	keywords: DNA transposon
	Pace JK 2nd, Feschotte C. The evolutionary history of human DNA transposons: evidence for intense activity in the primate lineage. Genome Res. 2007 Apr;17(4):422-32.
72.	Alu RNAのプロセシング：scAlu	全文(PDF)/紹介論文▼	2009/03/05
	keywords: SINE, Alu, 7SL RNA
	Maraia RJ, Driscoll CT, Bilyeu T, Hsu K, Darlington GJ. Multiple dispersed loci produce small cytoplasmic Alu RNA. Mol Cell Biol. 1993 Jul;13(7):4233-41. Shaikh TH, Roy AM, Kim J, Batzer MA, Deininger PL. cDNAs derived from primary and small cytoplasmic Alu (scAlu) transcripts. J Mol Biol. 1997 Aug 15;271(2):222-34. Sarrowa J, Chang DY, Maraia RJ. The decline in human Alu retroposition was accompanied by an asymmetric decrease in SRP9/14 binding to dimeric Alu RNA and increased expression of small cytoplasmic Alu RNA. Mol Cell Biol. 1997 Mar;17(3):1144-51. Chen Y, Sinha K, Perumal K, Gu J, Reddy R. Accurate 3' end processing and adenylation of human signal recognition particle RNA and Alu RNA in vitro. J Biol Chem. 1998 Dec 25;273(52):35023-31.
71.	ある（Alu）SINEの来歴	全文(PDF)/紹介論文▼	2009/03/03
	keywords: SINE, Alu, 7SL RNA, FAM, FLAM, FRAM
	Quentin Y. Fusion of a free left Alu monomer and a free right Alu monomer at the origin of the Alu family in the primate genomes. Nucleic Acids Res. 1992a Feb 11;20(3):487-93. Jurka J, Zuckerkandl E. Free left arms as precursor molecules in the evolution of Alu sequences. J Mol Evol. 1991 Jul;33(1):49-56. Quentin Y. Origin of the Alu family: a family of Alu-like monomers gave birth to the left and the right arms of the Alu elements. Nucleic Acids Res. 1992b Jul 11;20(13):3397-401. Quentin Y. A master sequence related to a free left Alu monomer (FLAM) at the origin of the B1 family in rodent genomes. Nucleic Acids Res. 1994 Jun 25;22(12):2222-7. Kriegs JO, Churakov G, Jurka J, Brosius J, Schmitz J. Evolutionary history of 7SL RNA-derived SINEs in Supraprimates. Trends Genet. 2007 Apr;23(4):158-61. Epub 2007 Feb 20. Review. Nishihara H, Terai Y, Okada N. Characterization of novel Alu- and tRNA-related SINEs from the tree shrew and evolutionary implications of their origins. Mol Biol Evol. 2002 Nov;19(11):1964-72. Kapitonov V, Jurka J. The age of Alu subfamilies. J Mol Evol. 1996 Jan;42(1):59-65.
70.	テロメラーゼの立体構造	全文(PDF)/紹介論文▼	2008/12/22
	keywords: reverse transcriptase, telomerase
	Jacobs SA, Podell ER, Cech TR. Crystal structure of the essential N-terminal domain of telomerase reverse transcriptase. Nat Struct Mol Biol. 2006 Mar;13(3):218-25. Epub 2006 Feb 5. Erratum in: Nat Struct Mol Biol. 2007 Oct;14(10):984. Rouda S, Skordalakes E. Structure of the RNA-binding domain of telomerase: implications for RNA recognition and binding. Structure. 2007 Nov;15(11):1403-12. Gillis AJ, Schuller AP, Skordalakes E. Structure of the Tribolium castaneum telomerase catalytic subunit TERT. Nature. 2008 Oct 2;455(7213):633-7. Epub 2008 Aug 31.
69.	転移中間体を元通りに？：ERCC1/XPFとTrex1	全文(PDF)/紹介論文▼	2008/12/18
	keywords: retroelement, non-LTR retrotransposon
	Gasior SL, Roy-Engel AM, Deininger PL. ERCC1/XPF limits L1 retrotransposition. DNA Repair (Amst). 2008 Jun 1;7(6):983-9. Stetson DB, Ko JS, Heidmann T, Medzhitov R. Trex1 prevents cell-intrinsic initiation of autoimmunity. Cell. 2008 Aug 22;134(4):587-98.
68.	完全変態昆虫内部の系統関係：NIP法	全文(PDF)/紹介論文▼	2008/10/21
	keywords: intron, phylogeny
	Savard J, Tautz D, Richards S, Weinstock GM, Gibbs RA, Werren JH, Tettelin H, Lercher MJ. Phylogenomic analysis reveals bees and wasps (Hymenoptera) at the base of the radiation of Holometabolous insects. Genome Res. 2006 Nov;16(11):1334-8. Krauss V, Thummler C, Georgi F, Lehmann J, Stadler PF, Eisenhardt C. Near intron positions are reliable phylogenetic markers: an application to holometabolous insects. Mol Biol Evol. 2008 May;25(5):821-30.
67.	ナノ古細菌のtRNAは不思議がいっぱいナノだ	全文(PDF)/紹介論文▼	2008/06/11
	keywords: nanoarchaea, tRNA splicing, RNase P
	Randau L, Munch R, Hohn MJ, Jahn D, Soll D. Nanoarchaeum equitans creates functional tRNAs from separate genes for their 5'- and 3'-halves. Nature. 2005 Feb 3;433(7025):537-41. Randau L, Schroder I, Soll D. Life without RNase P. Nature. 2008 May 1;453(7191):120-3.
66.	繊毛虫の大核形成(2)：Oxytrichaの場合	全文(PDF)/紹介論文▼	2008/05/09
	keywords: ciliate, micronucleus, macronucleus
	Prescott DM. The DNA of ciliated protozoa. Microbiol Rev. 1994 Jun;58(2):233-67. Review. Landweber LF, Kuo TC, Curtis EA. Evolution and assembly of an extremely scrambled gene. Proc Natl Acad Sci U S A. 2000 Mar 28;97(7):3298-303. Nowacki M, Vijayan V, Zhou Y, Schotanus K, Doak TG, Landweber LF. RNA-mediated epigenetic programming of a genome-rearrangement pathway. Nature. 2008 Jan 10;451(7175):153-8.
65.	繊毛虫の大核形成(1)：Tetrahymenaの場合	全文(PDF)/紹介論文▼	2008/04/21
	keywords: ciliate, micronucleus, macronucleus
	Yao MC, Fuller P, Xi X. Programmed DNA deletion as an RNA-guided system of genome defense. Science. 2003 Jun 6;300(5625):1581-4. Madireddi MT, Coyne RS, Smothers JF, Mickey KM, Yao MC, Allis CD. Pdd1p, a novel chromodomain-containing protein, links heterochromatin assembly and DNA elimination in Tetrahymena. Cell. 1996 Oct 4;87(1):75-84. Coyne RS, Nikiforov MA, Smothers JF, Allis CD, Yao MC. Parental expression of the chromodomain protein Pdd1p is required for completion of programmed DNA elimination and nuclear differentiation. Mol Cell. 1999 Nov;4(5):865-72. Nikiforov MA, Gorovsky MA, Allis CD. A novel chromodomain protein, pdd3p, associates with internal eliminated sequences during macronuclear development in Tetrahymena thermophila. Mol Cell Biol. 2000 Jun;20(11):4128-34. Smothers JF, Mizzen CA, Tubbert MM, Cook RG, Allis CD. Pdd1p associates with germline-restricted chromatin and a second novel anlagen-enriched protein in developmentally programmed DNA elimination structures. Development. 1997 Nov;124(22):4537-45. Nikiforov MA, Smothers JF, Gorovsky MA, Allis CD. Excision of micronuclear-specific DNA requires parental expression of pdd2p and occurs independently from DNA replication in Tetrahymena thermophila. Genes Dev. 1999 Nov 1;13(21):2852-62. Mochizuki K, Fine NA, Fujisawa T, Gorovsky MA. Analysis of a piwi-related gene implicates small RNAs in genome rearrangement in Tetrahymena. Cell. 2002 Sep 20;110(6):689-99. Mochizuki K, Gorovsky MA. Conjugation-specific small RNAs in Tetrahymena have predicted properties of scan (scn) RNAs involved in genome rearrangement. Genes Dev. 2004 Sep 1;18(17):2068-73. Mochizuki K, Gorovsky MA. A Dicer-like protein in Tetrahymena has distinct functions in genome rearrangement, chromosome segregation, and meiotic prophase. Genes Dev. 2005 Jan 1;19(1):77-89. Taverna SD, Coyne RS, Allis CD. Methylation of histone h3 at lysine 9 targets programmed DNA elimination in Tetrahymena. Cell. 2002 Sep 20;110(6):701-11. Liu Y, Mochizuki K, Gorovsky MA. Histone H3 lysine 9 methylation is required for DNA elimination in developing macronuclei in Tetrahymena. Proc Natl Acad Sci U S A. 2004 Feb 10;101(6):1679-84. Liu Y, Taverna SD, Muratore TL, Shabanowitz J, Hunt DF, Allis CD. RNAi-dependent H3K27 methylation is required for heterochromatin formation and DNA elimination in Tetrahymena. Genes Dev. 2007 Jun 15;21(12):1530-45.
64.	テロメラーゼの「転移」：interstitial telomeric sequences	全文(PDF)/紹介論文▼	2008/02/21
	keywords: telomerase, retrotransposition, telomeric repeats
	Azzalin CM, Nergadze SG, Giulotto E. Human intrachromosomal telomeric-like repeats: sequence organization and mechanisms of origin. Chromosoma. 2001 May;110(2):75-82. Nergadze SG, Rocchi M, Azzalin CM, Mondello C, Giulotto E. Insertion of telomeric repeats at intrachromosomal break sites during primate evolution. Genome Res. 2004 Sep;14(9):1704-10. Nergadze SG, Santagostino MA, Salzano A, Mondello C, Giulotto E. Contribution of telomerase RNA retrotranscription to DNA double-strand break repair during mammalian genome evolution. Genome Biol. 2007 Dec 7;8(12):R260
63.	バルジ大作戦：tRNA splicing	全文(PDF)/紹介論文▼	2008/02/08
	keywords: tRNA splicing
	Sugahara J, Yachie N, Arakawa K, Tomita M. In silico screening of archaeal tRNA-encoding genes having multiple introns with bulge-helix-bulge splicing motifs. RNA. 2007 May;13(5):671-81. Soma A, Onodera A, Sugahara J, Kanai A, Yachie N, Tomita M, Kawamura F, Sekine Y. Permuted tRNA genes expressed via a circular RNA intermediate in Cyanidioschyzon merolae. Science. 2007 Oct 19;318(5849):450-3.
62.	自然界のウイルスベクター：polydnavirus	全文(PDF)/紹介論文▼	2008/02/05
	keywords: polydnavirus, parasitic wasp
	Drezen JM, Provost B, Espagne E, Cattolico L, Dupuy C, Poirie M, Periquet G, Huguet E. Polydnavirus genome: integrated vs. free virus. J Insect Physiol. 2003 May;49(5):407-17. Review. Espagne E, Dupuy C, Huguet E, Cattolico L, Provost B, Martins N, Poirie M, Periquet G, Drezen JM. Genome sequence of a polydnavirus: insights into symbiotic virus evolution. Science. 2004 Oct 8;306(5694):286-9. Webb BA, Strand MR, Dickey SE, Beck MH, Hilgarth RS, Barney WE, Kadash K, Kroemer JA, Lindstrom KG, Rattanadechakul W, Shelby KS, Thoetkiattikul H, Turnbull MW, Witherell RA. Polydnavirus genomes reflect their dual roles as mutualists and pathogens. Virology. 2006 Mar 30;347(1):160-74.
61.	L1の3番目の遺伝子転移機構：template-switch	全文(PDF)/紹介論文▼	2007/12/19
	keywords: non-LTR retrotransposon, L1, template switch
	Buzdin A, Ustyugova S, Gogvadze E, Vinogradova T, Lebedev Y, Sverdlov E. A new family of chimeric retrotranscripts formed by a full copy of U6 small nuclear RNA fused to the 3' terminus of L1. Genomics. 2002 Oct;80(4):402-6. Buzdin A, Gogvadze E, Kovalskaya E, Volchkov P, Ustyugova S, Illarionova A, Fushan A, Vinogradova T, Sverdlov E. The human genome contains many types of chimeric retrogenes generated through in vivo RNA recombination. Nucleic Acids Res. 2003 Aug 1;31(15):4385-90. Gilbert N, Lutz S, Morrish TA, Moran JV. Multiple fates of L1 retrotransposition intermediates in cultured human cells. Mol Cell Biol. 2005 Sep;25(17):7780-95. Garcia-Perez JL, Doucet AJ, Bucheton A, Moran JV, Gilbert N. Distinct mechanisms for trans-mediated mobilization of cellular RNAs by the LINE-1 reverse transcriptase. Genome Res. 2007 May;17(5):602-11.
60.	過去のウイルス防御の代償：TRIM5α	全文(PDF)/紹介論文▼	2007/11/06
	keywords: TRIM5alpha, retrovirus, HIV-1
	Stremlau M, Owens CM, Perron MJ, Kiessling M, Autissier P, Sodroski J. The cytoplasmic body component TRIM5alpha restricts HIV-1 infection in Old World monkeys. Nature. 2004 Feb 26;427(6977):848-53. Sakuma R, Noser JA, Ohmine S, Ikeda Y. Rhesus monkey TRIM5alpha restricts HIV-1 production through rapid degradation of viral Gag polyproteins. Nat Med. 2007 May;13(5):631-5. Epub 2007 Apr 15. Yap MW, Nisole S, Stoye JP. A single amino acid change in the SPRY domain of human Trim5alpha leads to HIV-1 restriction. Curr Biol. 2005 Jan 11;15(1):73-8. Sawyer SL, Wu LI, Emerman M, Malik HS. Positive selection of primate TRIM5alpha identifies a critical species-specific retroviral restriction domain. Proc Natl Acad Sci U S A. 2005 Feb 22;102(8):2832-7. Epub 2005 Feb 2. Kaiser SM, Malik HS, Emerman M. Restriction of an extinct retrovirus by the human TRIM5alpha antiviral protein. Science. 2007 Jun 22;316(5832):1756-8.
59.	SINEの“核”：CORE-SINE, V-SINE, Deu-SINE	全文(PDF)/紹介論文▼	2007/10/23
	keywords: SINE, CORE-SINE, V-SINE, Deu-SINE
	Gilbert N, Labuda D. CORE-SINEs: eukaryotic short interspersed retroposing elements with common sequence motifs. Proc Natl Acad Sci U S A. 1999 Mar 16;96(6):2869-74. Ogiwara I, Miya M, Ohshima K, Okada N. V-SINEs: a new superfamily of vertebrate SINEs that are widespread in vertebrate genomes and retain a strongly conserved segment within each repetitive unit. Genome Res. 2002 Feb;12(2):316-24. Nishihara H, Smit AF, Okada N. Functional noncoding sequences derived from SINEs in the mammalian genome. Genome Res. 2006 Jul;16(7):864-74.
58.	お隣さんとお引っ越し：L1の3' transduction	全文(PDF)/紹介論文▼	2007/10/16
	keywords: non-LTR retrotransposon, L1 3' transduction, polyA signal
	International Human Genome Sequencing Consortium. Initial sequencing and analysis of the human genome. Nature. 2001 Feb 15;409(6822):860-921. Erratum in: Nature 2001 Aug 2;412(6846):565. Nature 2001 Jun 7;411(6838):720. Szustakowki, J Holmes SE, Dombroski BA, Krebs CM, Boehm CD, Kazazian HH Jr. A new retrotransposable human L1 element from the LRE2 locus on chromosome 1q produces a chimaeric insertion. Nat Genet. 1994 Jun;7(2):143-8. McNaughton JC, Hughes G, Jones WA, Stockwell PA, Klamut HJ, Petersen GB. The evolution of an intron: analysis of a long, deletion-prone intron in the human dystrophin gene. Genomics. 1997 Mar 1;40(2):294-304. Rozmahel R, Heng HH, Duncan AM, Shi XM, Rommens JM, Tsui LC. Amplification of CFTR exon 9 sequences to multiple locations in the human genome. Genomics. 1997 Nov 1;45(3):554-61. Brouha B, Meischl C, Ostertag E, de Boer M, Zhang Y, Neijens H, Roos D, Kazazian HH Jr. Evidence consistent with human L1 retrotransposition in maternal meiosis I. Am J Hum Genet. 2002 Aug;71(2):327-36. van den Hurk JA, van de Pol DJ, Wissinger B, van Driel MA, Hoefsloot LH, de Wijs IJ, van den Born LI, Heckenlively JR, Brunner HG, Zrenner E, Ropers HH, Cremers FP. Novel types of mutation in the choroideremia ( CHM) gene: a full-length L1 insertion and an intronic mutation activating a cryptic exon. Hum Genet. 2003 Aug;113(3):268-75. Chen JM, Stenson PD, Cooper DN, Ferec C. A systematic analysis of LINE-1 endonuclease-dependent retrotranspositional events causing human genetic disease. Hum Genet. 2005 Sep;117(5):411-27. Review. Moran JV, Holmes SE, Naas TP, DeBerardinis RJ, Boeke JD, Kazazian HH Jr. High frequency retrotransposition in cultured mammalian cells. Cell. 1996 Nov 29;87(5):917-27. Moran JV, DeBerardinis RJ, Kazazian HH Jr. Exon shuffling by L1 retrotransposition. Science. 1999 Mar 5;283(5407):1530-4. Goodier JL, Ostertag EM, Kazazian HH Jr. Transduction of 3'-flanking sequences is common in L1 retrotransposition. Hum Mol Genet. 2000 Mar 1;9(4):653-7. Pickeral OK, Makalowski W, Boguski MS, Boeke JD. Frequent human genomic DNA transduction driven by LINE-1 retrotransposition. Genome Res. 2000 Apr;10(4):411-5. Myers JS, Vincent BJ, Udall H, Watkins WS, Morrish TA, Kilroy GE, Swergold GD, Henke J, Henke L, Moran JV, Jorde LB, Batzer MA. A comprehensive analysis of recently integrated human Ta L1 elements. Am J Hum Genet. 2002 Aug;71(2):312-26. Szak ST, Pickeral OK, Makalowski W, Boguski MS, Landsman D, Boeke JD. Molecular archeology of L1 insertions in the human genome. Genome Biol. 2002 Sep 19;3(10):research0052. Szak ST, Pickeral OK, Landsman D, Boeke JD. Identifying related L1 retrotransposons by analyzing 3' transduced sequences. Genome Biol. 2003;4(5):R30. Ejima Y, Yang L. Trans mobilization of genomic DNA as a mechanism for retrotransposon-mediated exon shuffling. Hum Mol Genet. 2003 Jun 1;12(11):1321-8.
57.	転移因子対策最終兵器：repeat-induced point mutation(RIP)	全文(PDF)/紹介論文▼	2007/10/05
	keywords: RIP, Neurospora
	Galagan JE, Selker EU. RIP: the evolutionary cost of genome defense. Trends Genet. 2004 Sep;20(9):417-23. Review.
56.	DNAポリメラーゼによるin vivoでの逆転写	全文(PDF)/紹介論文▼	2007/09/11
	keywords: DNA polymerase, reverse transcription
	Storici F, Bebenek K, Kunkel TA, Gordenin DA, Resnick MA. RNA-templated DNA repair. Nature. 2007 May 17;447(7142):338-41.
55.	テロメラーゼと勝利の女神は“エン”が無い？：AthenaとCoprina	全文(PDF)/紹介論文▼	2007/07/31
	keywords: Penelope-like element, telomerase, reverse transcriptase, telomere
	Arkhipova IR, Pyatkov KI, Meselson M, Evgen'ev MB. Retroelements containing introns in diverse invertebrate taxa. Nat Genet. 2003 Feb;33(2):123-4. Morrish TA, Garcia-Perez JL, Stamato TD, Taccioli GE, Sekiguchi J, Moran JV. Endonuclease-independent LINE-1 retrotransposition at mammalian telomeres. Nature. 2007 Mar 8;446(7132):208-12. Gladyshev EA, Arkhipova IR. Telomere-associated endonuclease-deficient Penelope-like retroelements in diverse eukaryotes. Proc Natl Acad Sci U S A. 2007 May 29;104(22):9352-7.
54.	偽まこりんのお仕事：Makorin1-p1	全文(PDF)/紹介論文▼	2007/07/24
	keywords: processed pseudogene, retrotransposition, non-LTR retrotransposon
	Hirotsune S, Yoshida N, Chen A, Garrett L, Sugiyama F, Takahashi S, Yagami K, Wynshaw-Boris A, Yoshiki A. An expressed pseudogene regulates the messenger-RNA stability of its homologous coding gene. Nature. 2003 May 1;423(6935):91-6. Gray TA, Wilson A, Fortin PJ, Nicholls RD. The putatively functional Mkrn1-p1 pseudogene is neither expressed nor imprinted, nor does it regulate its source gene in trans. Proc Natl Acad Sci U S A. 2006 Aug 8;103(32):12039-44.
53.	配列認識の構造基盤：L1, TRAS1, R1Bm	全文(PDF)/紹介論文▼	2007/07/18
	keywords: non-LTR retrotransposon, apurinic-like endonuclease, L1, TRAS, R1
	Weichenrieder O, Repanas K, Perrakis A. Crystal structure of the targeting endonuclease of the human LINE-1 retrotransposon. Structure. 2004 Jun;12(6):975-86. Maita N, Anzai T, Aoyagi H, Mizuno H, Fujiwara H. Crystal structure of the endonuclease domain encoded by the telomere-specific long interspersed nuclear element, TRAS1. J Biol Chem. 2004 Sep 24;279(39):41067-76. Anzai T, Takahashi H, Fujiwara H. Sequence-specific recognition and cleavage of telomeric repeat (TTAGG)(n) by endonuclease of non-long terminal repeat retrotransposon TRAS1. Mol Cell Biol. 2001 Jan;21(1):100-8. Maita N, Aoyagi H, Osanai M, Shirakawa M, Fujiwara H. Characterization of the sequence specificity of the R1Bm endonuclease domain by structural and biochemical studies. Nucleic Acids Res. 2007 Jun 1;35(12):3918-3927. Feng Q, Schumann G, Boeke JD. Retrotransposon R1Bm endonuclease cleaves the target sequence. Proc Natl Acad Sci U S A. 1998 Mar 3;95(5):2083-8.
52.	塩基配列レベルの獲得免疫：CRISPR-Cas system	全文(PDF)/紹介論文▼	2007/06/22
	keywords: CRISPR-Cas system, prokaryote, phage, plasmid
	Barrangou R, Fremaux C, Deveau H, Richards M, Boyaval P, Moineau S, Romero DA, Horvath P. CRISPR provides acquired resistance against viruses in prokaryotes. Science. 2007 Mar 23;315(5819):1709-12.
51.	テロメラーゼとnon-LTRレトロトランスポゾンの新たな接点	全文(PDF)/紹介論文▼	2007/03/14
	keywords: non-LTR retrotransposon, L1, endonuclease, telomere, telomerase
	Morrish TA, Gilbert N, Myers JS, Vincent BJ, Stamato TD, Taccioli GE, Batzer MA, Moran JV. DNA repair mediated by endonuclease-independent LINE-1 retrotransposition. Nat Genet. 2002 Jun;31(2):159-65. Morrish TA, Garcia-Perez JL, Stamato TD, Taccioli GE, Sekiguchi J, Moran JV. Endonuclease-independent LINE-1 retrotransposition at mammalian telomeres. Nature. 2007 Mar 8;446(7132):208-12.
50.	早くレトロウイルスになりた〜いっ	全文(PDF)/紹介論文▼	2007/03/13
	keywords: LTR retrotransposon, envelope, env, retrovirus
	Song SU, Gerasimova T, Kurkulos M, Boeke JD, Corces VG. An env-like protein encoded by a Drosophila retroelement: evidence that gypsy is an infectious retrovirus. Genes Dev. 1994 Sep 1;8(17):2046-57. Pelisson A, Song SU, Prud'homme N, Smith PA, Bucheton A, Corces VG. Gypsy transposition correlates with the production of a retroviral envelope-like protein under the tissue-specific control of the Drosophila flamenco gene. EMBO J. 1994 Sep 15;13(18):4401-11. Malik HS, Henikoff S, Eickbush TH. Poised for contagion: evolutionary origins of the infectious abilities of invertebrate retroviruses. Genome Res. 2000 Sep;10(9):1307-18. Rohrmann GF, Karplus PA. Relatedness of baculovirus and gypsy retrotransposon envelope proteins. BMC Evol Biol. 2001;1:1. Wright DA, Voytas DF. Potential retroviruses in plants: Tat1 is related to a group of Arabidopsis thaliana Ty3/gypsy retrotransposons that encode envelope-like proteins. Genetics. 1998 Jun;149(2):703-15. Wright DA, Voytas DF. Athila4 of Arabidopsis and Calypso of soybean define a lineage of endogenous plant retroviruses. Genome Res. 2002 Jan;12(1):122-31. Vicient CM, Kalendar R, Schulman AH. Envelope-class retrovirus-like elements are widespread, transcribed and spliced, and insertionally polymorphic in plants. Genome Res. 2001 Dec;11(12):2041-9. Pantazidis A, Labrador M, Fontdevila A. The retrotransposon Osvaldo from Drosophila buzzatii displays all structural features of a functional retrovirus. Mol Biol Evol. 1999 Jul;16(7):909-21. Peterson-Burch BD, Voytas DF. Genes of the Pseudoviridae (Ty1/copia retrotransposons). Mol Biol Evol. 2002 Nov;19(11):1832-45. Laten HM, Majumdar A, Gaucher EA. SIRE-1, a copia/Ty1-like retroelement from soybean, encodes a retroviral envelope-like protein. Proc Natl Acad Sci U S A. 1998 Jun 9;95(12):6897-902. Bowen NJ, McDonald JF. Genomic analysis of Caenorhabditis elegans reveals ancient families of retroviral-like elements. Genome Res. 1999 Oct;9(10):924-35. Kim A, Terzian C, Santamaria P, Pelisson A, Purd'homme N, Bucheton A. Retroviruses in invertebrates: the gypsy retrotransposon is apparently an infectious retrovirus of Drosophila melanogaster. Proc Natl Acad Sci U S A. 1994 Feb 15;91(4):1285-9.
49.	アイはカーゴに載って	全文(PDF)/紹介論文▼	2007/03/08
	keywords: non-LTR retrotransposon, I factor, hybrid dysgenesis
	Seleme MC, Disson O, Robin S, Brun C, Teninges D, Bucheton A. In vivo RNA localization of I factor, a non-LTR retrotransposon, requires a cis-acting signal in ORF2 and ORF1 protein. Nucleic Acids Res. 2005 Feb 1;33(2):776-85. Van De Bor V, Hartswood E, Jones C, Finnegan D, Davis I. gurken and the I factor retrotransposon RNAs share common localization signals and machinery. Dev Cell. 2005 Jul;9(1):51-62.
48.	ウニから見つかったRAG1/2のホモログ	全文(PDF)/紹介論文▼	2007/03/01
	Fugmann SD, Messier C, Novack LA, Cameron RA, Rast JP. An ancient evolutionary origin of the Rag1/2 gene locus. Proc Natl Acad Sci U S A. 2006 Mar 7;103(10):3728-33.
47.	RAGという転移酵素	全文(PDF)/紹介論文▼	2007/02/22
	Zhou L, Mitra R, Atkinson PW, Hickman AB, Dyda F, Craig NL. Transposition of hAT elements links transposable elements and V(D)J recombination. Nature. 2004 Dec 23;432(7020):995-1001. Hickman AB, Perez ZN, Zhou L, Musingarimi P, Ghirlando R, Hinshaw JE, Craig NL, Dyda F. Molecular architecture of a eukaryotic DNA transposase. Nat Struct Mol Biol. 2005 Aug;12(8):715-21. Agrawal A, Eastman QM, Schatz DG. Transposition mediated by RAG1 and RAG2 and its implications for the evolution of the immune system. Nature. 1998 Aug 20;394(6695):744-51. Hiom K, Melek M, Gellert M. DNA transposition by the RAG1 and RAG2 proteins: a possible source of oncogenic translocations. Cell. 1998 Aug 21;94(4):463-70. Lee GS, Neiditch MB, Sinden RR, Roth DB. Targeted transposition by the V(D)J recombinase. Mol Cell Biol. 2002 Apr;22(7):2068-77. Melek M, Gellert M, van Gent DC. Rejoining of DNA by the RAG1 and RAG2 proteins. Science. 1998 Apr 10;280(5361):301-3.
46.	R2タンパク質の二分業体制	全文(PDF)/紹介論文▼	2007/02/07
	Christensen S, Eickbush TH. Footprint of the retrotransposon R2Bm protein on its target site before and after cleavage. J Mol Biol. 2004 Mar 5;336(5):1035-45. Christensen SM, Eickbush TH. R2 target-primed reverse transcription: ordered cleavage and polymerization steps by protein subunits asymmetrically bound to the target DNA. Mol Cell Biol. 2005 Aug;25(15):6617-28. Christensen SM, Bibillo A, Eickbush TH. Role of the Bombyx mori R2 element N-terminal domain in the target-primed reverse transcription (TPRT) reaction. Nucleic Acids Res. 2005 Nov 10;33(20):6461-8. Christensen SM, Ye J, Eickbush TH. RNA from the 5' end of the R2 retrotransposon controls R2 protein binding to and cleavage of its DNA target site. Proc Natl Acad Sci U S A. 2006 Nov 21;103(47):17602-7.
45.	TANT法でたんとトランスポゾンの挿入配列を決める	全文(PDF)/紹介論文▼	2007/01/16
	Ichiyanagi K, Nakajima R, Kajikawa M, Okada N. Novel retrotransposon analysis reveals multiple mobility pathways dictated by hosts. Genome Res. 2007 Jan;17(1):33-41. Ichiyanagi K, Okada N. Genomic alterations upon integration of zebrafish L1 elements revealed by the TANT method. Gene. 2006 Nov 15;383:108-16.
44.	成熟は他人任せ：RIR-3とnMat	全文(PDF)/紹介論文▼	2007/01/12
	Meng Q, Wang Y, Liu XQ. An intron-encoded protein assists RNA splicing of multiple similar introns of different bacterial genes. J Biol Chem. 2005 Oct 21;280(42):35085-8. Mohr G, Lambowitz AM. Putative proteins related to group II intron reverse transcriptase/maturases are encoded by nuclear genes in higher plants. Nucleic Acids Res. 2003 Jan 15;31(2):647-52. Nakagawa N, Sakurai N. A mutation in At-nMat1a, which encodes a nuclear gene having high similarity to group II intron maturase, causes impaired splicing of mitochondrial NAD4 transcript and altered carbon metabolism in Arabidopsis thaliana. Plant Cell Physiol. 2006 Jun;47(6):772-83.
43.	RNAi機構は本当に転移因子を抑制するか？：ショウジョウバエを例に	全文(PDF)/紹介論文▼	2006/12/21
	Aravin AA, Lagos-Quintana M, Yalcin A, Zavolan M, Marks D, Snyder B, Gaasterland T, Meyer J, Tuschl T. The small RNA profile during Drosophila melanogaster development. Dev Cell. 2003 Aug;5(2):337-350. Sarot E, Payen-Groschene G, Bucheton A, Pelisson A. Evidence for a piwi-dependent RNA silencing of the gypsy endogenous retrovirus by the Drosophila melanogaster flamenco gene. Genetics. 2004 Mar;166(3):1313-1321. Aravin AA, Naumova NM, Tulin AV, Vagin VV, Rozovsky YM, Gvozdev VA. Double-stranded RNA-mediated silencing of genomic tandem repeats and transposable elements in the D. melanogaster germline. Curr Biol. 2001 Jul 10;11(13):1017-1027. Kalmykova AI, Klenov MS, Gvozdev VA. Argonaute protein PIWI controls mobilization of retrotransposons in the Drosophila male germline. Nucleic Acids Res. 2005 Apr 7;33(6):2052-2059. Vagin VV, Sigova A, Li C, Seitz H, Gvozdev V, Zamore PD. A distinct small RNA pathway silences selfish genetic elements in the germline. Science. 2006 Jul 21;313(5785):320-324. Saito K, Nishida KM, Mori T, Kawamura Y, Miyoshi K, Nagami T, Siomi H, Siomi MC. Specific association of Piwi with rasiRNAs derived from retrotransposon and heterochromatic regions in the Drosophila genome. Genes Dev. 2006 Aug 15;20(16):2214-2222.
42.	L1 Gives You Wings：Aluとprocessed pseudogene	全文(PDF)/紹介論文▼	2006/12/07
	Esnault C, Maestre J, Heidmann T. Human LINE retrotransposons generate processed pseudogenes. Nat Genet. 2000 Apr;24(4):363-367. Dewannieux M, Esnault C, Heidmann T. LINE-mediated retrotransposition of marked Alu sequences. Nat Genet. 2003 Sep;35(1):41-48.
41.	哺乳類で生まれたリボザイム？：CPEB3リボザイム	全文(PDF)/紹介論文▼	2006/12/05
	Doudna JA, Cech TR. The chemical repertoire of natural ribozymes. Nature. 2002 Jul 11;418(6894):222-8. Review. Salehi-Ashtiani K, Luptak A, Litovchick A, Szostak JW. A genomewide search for ribozymes reveals an HDV-like sequence in the human CPEB3 gene. Science. 2006 Sep 22;313(5794):1788-92.
40.	細胞内共生細菌の終着点：そしてオルガネラにならない？	全文(PDF)/紹介論文▼	2006/11/30
	Nakabachi A, Yamashita A, Toh H, Ishikawa H, Dunbar HE, Moran NA, Hattori M. The 160-kilobase genome of the bacterial endosymbiont Carsonella. Science. 2006 Oct 13;314(5797):267. Perez-Brocal V, Gil R, Ramos S, Lamelas A, Postigo M, Michelena JM, Silva FJ, Moya A, Latorre A. A small microbial genome: the end of a long symbiotic relationship? Science. 2006 Oct 13;314(5797):312-313. Andersson SG. Genetics. The bacterial world gets smaller. Science. 2006 Oct 13;314(5797):259-260. Shigenobu S, Watanabe H, Hattori M, Sakaki Y, Ishikawa H. Genome sequence of the endocellular bacterial symbiont of aphids Buchnera sp. APS. Nature. 2000 Sep 7;407(6800):81-86. Tamas I, Klasson L, Canback B, Naslund AK, Eriksson AS, Wernegreen JJ, Sandstrom JP, Moran NA, Andersson SG. 50 million years of genomic stasis in endosymbiotic bacteria. Science. 2002 Jun 28;296(5577):2376-9. van Ham RC, Kamerbeek J, Palacios C, Rausell C, Abascal F, Bastolla U, Fernandez JM, Jimenez L, Postigo M, Silva FJ, Tamames J, Viguera E, Latorre A, Valencia A, Moran F, Moya A. Reductive genome evolution in Buchnera aphidicola. Proc Natl Acad Sci U S A. 2003 Jan 21;100(2):581-6. Tsuchida T, Koga R, Fukatsu T. Host plant specialization governed by facultative symbiont. Science. 2004 Mar 26;303(5666):1989. Wu D, Daugherty SC, Van Aken SE, Pai GH, Watkins KL, Khouri H, Tallon LJ, Zaborsky JM, Dunbar HE, Tran PL, Moran NA, Eisen JA. Metabolic complementarity and genomics of the dual bacterial symbiosis of sharpshooters. PLoS Biol. 2006 Jun;4(6):e188.
39.	L1の転写減衰と遺伝子の発現制御	全文(PDF)/紹介論文▼	2006/11/28
	Perepelitsa-Belancio V, Deininger P. RNA truncation by premature polyadenylation attenuates human mobile element activity. Nat Genet. 2003 Dec;35(4):363-366. Han JS, Szak ST, Boeke JD. Transcriptional disruption by the L1 retrotransposon and implications for mammalian transcriptomes. Nature. 2004 May 20;429(6989):268-274. Han JS, Boeke JD. A highly active synthetic mammalian retrotransposon. Nature. 2004 May 20;429(6989):314-318. Wheelan SJ, Aizawa Y, Han JS, Boeke JD. Gene-breaking: a new paradigm for human retrotransposon-mediated gene evolution. Genome Res. 2005 Aug;15(8):1073-1078.
38.	rRNAとの共転写の役割：R1とR2	全文(PDF)/紹介論文▼	2006/11/22
	Long EO, Dawid IB. Expression of ribosomal DNA insertions in Drosophila melanogaster. Cell. 1979 Dec;18(4):1185-96. Jamrich M, Miller OL Jr. The rare transcripts of interrupted rRNA genes in Drosophila melanogaster are processed or degraded during synthesis. EMBO J. 1984 Jul;3(7):1541-5. Eickbush DG, Eickbush TH. Transcription of endogenous and exogenous R2 elements in the rRNA gene locus of Drosophila melanogaster. Mol Cell Biol. 2003 Jun;23(11):3825-3836. Anzai T, Osanai M, Hamada M, Fujiwara H. Functional roles of 3'-terminal structures of template RNA during in vivo retrotransposition of non-LTR retrotransposon, R1Bm. Nucleic Acids Res. 2005 Apr 6;33(6):1993-2002.
37.	2006年ノーベル医学生理学賞：RNAi	全文(PDF)/紹介論文▼	2006/10/24
	Fire A, Xu S, Montgomery MK, Kostas SA, Driver SE, Mello CC. Potent and specific genetic interference by double-stranded RNA in Caenorhabditis elegans. Nature. 1998 Feb 19;391(6669):806-11.
36.	リボソームDNAの中の居心地は？：R1とR2	全文(PDF)/紹介論文▼	2006/10/17
	Perez-Gonzalez CE, Eickbush TH. Dynamics of R1 and R2 elements in the rDNA locus of Drosophila simulans. Genetics. 2001 Aug;158(4):1557-1567. Perez-Gonzalez CE, Eickbush TH. Rates of R1 and R2 retrotransposition and elimination from the rDNA locus of Drosophila melanogaster. Genetics. 2002 Oct;162(2):799-811. Perez-Gonzalez CE, Burke WD, Eickbush TH. R1 and R2 retrotransposition and deletion in the rDNA loci on the X and Y chromosomes of Drosophila melanogaster. Genetics. 2003 Oct;165(2):675-685.
35.	投げ縄と鋏は使いよう：GIR1とTy1	全文(PDF)/紹介論文▼	2006/10/11
	Nielsen H, Westhof E, Johansen S. An mRNA is capped by a 2', 5' lariat catalyzed by a group I-like ribozyme. Science. 2005 Sep 2;309(5740):1584-1587. Cheng Z, Menees TM. RNA branching and debranching in the yeast retrovirus-like element Ty1. Science. 2004 Jan 9;303(5655):240-243.
34.	レトロトランスポゾンと遺伝するエピジェネティクス	全文(PDF)/紹介論文▼	2006/10/02
	Morgan HD, Sutherland HG, Martin DI, Whitelaw E. Epigenetic inheritance at the agouti locus in the mouse. Nat Genet. 1999 Nov;23(3):314-318. Rakyan VK, Chong S, Champ ME, Cuthbert PC, Morgan HD, Luu KV, Whitelaw E. Transgenerational inheritance of epigenetic states at the murine Axin(Fu) allele occurs after maternal and paternal transmission. Proc Natl Acad Sci U S A. 2003 Mar 4;100(5):2538-2543.
33.	簡単お手軽RNAiのひみつ：SID-1	全文(PDF)/紹介論文▼	2006/09/28
	Winston WM, Molodowitch C, Hunter CP. Systemic RNAi in C. elegans requires the putative transmembrane protein SID-1. Science. 2002 Mar 29;295(5564):2456-2459. Feinberg EH, Hunter CP. Transport of dsRNA into cells by the transmembrane protein SID-1. Science. 2003 Sep 12;301(5639):1545-1547.
32.	ブタ箱の中のDNAトランスポゾン：Pokey	全文(PDF)/紹介論文▼	2006/09/20
	Penton EH, Sullender BW, Crease TJ. Pokey, a new DNA transposon in Daphnia (cladocera: crustacea). J Mol Evol. 2002 Dec;55(6):664-673. Penton EH, Crease TJ. Evolution of the transposable element Pokey in the ribosomal DNA of species in the subgenus Daphnia (Crustacea: Cladocera). Mol Biol Evol. 2004 Sep;21(9):1727-1739. Sullender BW, Crease TJ. The behavior of a Daphnia pulex transposable element in cyclically and obligately parthenogenetic populations. J Mol Evol. 2001 Jul;53(1):63-69. Perez-Gonzalez CE, Eickbush TH. Dynamics of R1 and R2 elements in the rDNA locus of Drosophila simulans. Genetics. 2001 Aug;158(4):1557-1567.
31.	昆虫のテロメア維持機構(4)：テロメラーゼ	全文(PDF)/紹介論文▼	2006/09/13 (2007/01/10加筆)
	Okazaki S, Tsuchida K, Maekawa H, Ishikawa H, Fujiwara H. Identification of a pentanucleotide telomeric sequence, (TTAGG)n, in the silkworm Bombyx mori and in other insects. Mol Cell Biol. 1993 Mar;13(3):1424-1432. Sasaki T, Fujiwara H. Detection and distribution patterns of telomerase activity in insects. Eur J Biochem. 2000 May;267(10):3025-31. Fujiwara H, Nakazato Y, Okazaki S, Ninaki O. Stability and telomere structure of chromosomal fragments in two different mosaic strains of the silkworm, Bombyx mori. Zool. Sci. 2000 17(6):743-750. Osanai M*, Kojima KK*, Futahashi R, Yaguchi S, and Fujiwara H. (*equal contributions.) Identification and characterization of the telomerase reverse transcriptase of Bombyx mori (silkworm) and Tribolium castaneum (flour beetle) Gene. 2006 Jul 19;376(2):281-289. Robertson HM, Gordon KH. Canonical TTAGG-repeat telomeres and telomerase in the honey bee, Apis mellifera. Genome Res. 2006 Nov;16(11):1345-1351.
30.	SINEと高度保存配列と外適応（Exaptation）	全文(PDF)/紹介論文▼	2006/08/11
	Bejerano G, Lowe CB, Ahituv N, King B, Siepel A, Salama SR, Rubin EM, Kent WJ, Haussler D. A distal enhancer and an ultraconserved exon are derived from a novel retroposon. Nature. 2006 May 4;441(7089):87-90. Nishihara H, Smit AF, Okada N. Functional noncoding sequences derived from SINEs in the mammalian genome. Genome Res. 2006 Jul;16(7):864-874. Xie X, Kamal M, Lander ES. A family of conserved noncoding elements derived from an ancient transposable element. Proc Natl Acad Sci U S A. 2006 Aug 1;103(31):11659-11664.
29.	昆虫のテロメア維持機構(3)：蠅のテロメア	全文(PDF)/紹介論文▼	2006/08/08
	Rashkova S, Karam SE, Kellum R, Pardue ML. Gag proteins of the two Drosophila telomeric retrotransposons are targeted to chromosome ends. J Cell Biol. 2002 Nov 11;159(3):397-402. Rashkova S, Athanasiadis A, Pardue ML. Intracellular targeting of Gag proteins of the Drosophila telomeric retrotransposons. J Virol. 2003 Jun;77(11):6376-6384. Abad JP, De Pablos B, Osoegawa K, De Jong PJ, Martin-Gallardo A, Villasante A. TAHRE, a novel telomeric retrotransposon from Drosophila melanogaster, reveals the origin of Drosophila telomeres. Mol Biol Evol. 2004 Sep;21(9):1620-1624. Danilevskaya ON, Tan C, Wong J, Alibhai M, Pardue ML. Unusual features of the Drosophila melanogaster telomere transposable element HeT-A are conserved in Drosophila yakuba telomere elements. Proc Natl Acad Sci U S A. 1998 Mar 31;95(7):3770-3775. Casacuberta E, Pardue ML. Transposon telomeres are widely distributed in the Drosophila genus: TART elements in the virilis group. Proc Natl Acad Sci U S A. 2003a Mar 18;100(6):3363-3368. Casacuberta E, Pardue ML. HeT-A elements in Drosophila virilis: retrotransposon telomeres are conserved across the Drosophila genus. Proc Natl Acad Sci U S A. 2003b Nov 25;100(24):14091-14096. Kahn T, Savitsky M, Georgiev P. Attachment of HeT-A sequences to chromosomal termini in Drosophila melanogaster may occur by different mechanisms. Mol Cell Biol. 2000 Oct;20(20):7634-7642.
28.	昆虫のテロメア維持機構(2)：蚊のテロメア	全文(PDF)/紹介論文▼	2006/08/08
	Nielsen L, Schmidt ER, Edstrom JE. Subrepeats result from regional DNA sequence conservation in tandem repeats in Chironomus telomeres. J Mol Biol. 1990 Dec 5;216(3):577-584. Cohn M, Edstrom JE. Telomere-associated repeats in Chironomus form discrete subfamilies generated by gene conversion. J Mol Evol. 1992 Aug;35(2):114-122. Kojima KK, Kubo Y, Fujiwara H. Complex and tandem repeat structure of subtelomeric regions in the Taiwan cricket, Teleogryllus taiwanemma. J Mol Evol. 2002 Apr;54(4):474-485. Niida H, Shinkai Y, Hande MP, Matsumoto T, Takehara S, Tachibana M, Oshimura M, Lansdorp PM, Furuichi Y. Telomere maintenance in telomerase-deficient mouse embryonic stem cells: characterization of an amplified telomeric DNA. Mol Cell Biol. 2000 Jun;20(11):4115-27. Chen Q, Ijpma A, Greider CW. Two survivor pathways that allow growth in the absence of telomerase are generated by distinct telomere recombination events. Mol Cell Biol. 2001 Mar;21(5):1819-1827. Roth CW, Kobeski F, Walter MF, Biessmann H. Chromosome end elongation by recombination in the mosquito Anopheles gambiae. Mol Cell Biol. 1997 Sep;17(9):5176-83. Nielsen L, Edstrom JE. Complex telomere-associated repeat units in members of the genus Chironomus evolve from sequences similar to simple telomeric repeats. Mol Cell Biol. 1993 Mar;13(3):1583-1589.
27.	ホーミングエンドヌクレアーゼの配列特異性の改変	全文(PDF)/紹介論文▼	2006/07/24
	Chevalier BS, Kortemme T, Chadsey MS, Baker D, Monnat RJ, Stoddard BL. Design, activity, and structure of a highly specific artificial endonuclease. Mol Cell. 2002 Oct;10(4):895-905. Ashworth J, Havranek JJ, Duarte CM, Sussman D, Monnat RJ Jr, Stoddard BL, Baker D. Computational redesign of endonuclease DNA binding and cleavage specificity. Nature. 2006 Jun 1;441(7093):656-659.
26.	ホーミングエンドヌクレアーゼとlocalized marker exclusion	全文(PDF)/紹介論文▼	2006/07/18
	Goodrich-Blair H, Shub DA. Beyond homing: competition between intron endonucleases confers a selective advantage on flanking genetic markers. Cell. 1996 Jan 26;84(2):211-221. Belle A, Landthaler M, Shub DA. Intronless homing: site-specific endonuclease SegF of bacteriophage T4 mediates localized marker exclusion analogous to homing endonucleases of group I introns. Genes Dev. 2002 Feb 1;16(3):351-362.
25.	昆虫のテロメア維持機構(1)：テロメア反復配列	全文(PDF)/紹介論文▼	2006/07/18
	Fuchs J, Brandes, A, Schubert I. Telomere sequence localization and karyotype evolution in higher plants. Pl. Syst. Evol. 1995 196:227–241. Sykorova E, Lim KY, Kunicka Z, Chase MW, Bennett MD, Fajkus J, Leitch AR. Telomere variability in the monocotyledonous plant order Asparagales. Proc Biol Sci. 2003 Sep 22;270(1527):1893-1904. Okazaki S, Tsuchida K, Maekawa H, Ishikawa H, Fujiwara H. Identification of a pentanucleotide telomeric sequence, (TTAGG)n, in the silkworm Bombyx mori and in other insects. Mol Cell Biol. 1993 Mar;13(3):1424-1432. Vitkova M, Kral J, Traut W, Zrzavy J, Marec F. The evolutionary origin of insect telomeric repeats, (TTAGG)n. Chromosome Res. 2005;13(2):145-156. Sahara K, Marec F, Traut W. TTAGG telomeric repeats in chromosomes of some insects and other arthropods. Chromosome Res. 1999 7: 449-460 Frydrychova R, Grossmann P, Trubac P, Vitkova M, Marec F. Phylogenetic distribution of TTAGG telomeric repeats in insects. Genome. 2004 Feb;47(1):163-178. Frydrychova R, Marec F. Repeated losses of TTAGG telomere repeats in evolution of beetles (Coleoptera). Genetica. 2002 Jun;115(2):179-187. Kojima KK, Kubo Y, Fujiwara H. Complex and tandem repeat structure of subtelomeric regions in the Taiwan cricket, Teleogryllus taiwanemma. J Mol Evol. 2002 Apr;54(4):474-485. Osanai M*, Kojima KK*, Futahashi R, Yaguchi S, and Fujiwara H. (*equal contributions.) Identification and characterization of the telomerase reverse transcriptase of Bombyx mori (silkworm) and Tribolium castaneum (flour beetle) Gene. 2006 Jul 19;376(2):281-289. Weiss-Schneeweiss H, Riha K, Jang CG, Puizina J, Scherthan H, Schweizer D. Chromosome termini of the monocot plant Othocallis siberica are maintained by telomerase, which specifically synthesises vertebrate-type telomere sequences. Plant J. 2004 Feb;37(4):484-493.
24.	LTRのないLTRレトロトランスポゾン：DIRS、PAT、Ngaro、VIPER	全文(PDF)/紹介論文▼	2006/06/29
	Cappello J, Handelsman K, Lodish HF. Sequence of Dictyostelium DIRS-1: an apparent retrotransposon with inverted terminal repeats and an internal circle junction sequence. Cell. 1985 Nov;43(1):105-115. Goodwin TJ, Poulter RT. The DIRS1 group of retrotransposons. Mol Biol Evol. 2001 Nov;18(11):2067-2082. Poulter RT, Goodwin TJ. DIRS-1 and the other tyrosine recombinase retrotransposons. Cytogenet Genome Res. 2005;110(1-4):575-588. Review. de Chastonay Y, Felder H, Link C, Aeby P, Tobler H, Muller F. Unusual features of the retroid element PAT from the nematode Panagrellus redivivus. Nucleic Acids Res. 1992 Apr 11;20(7):1623-1628. Ruiz-Perez VL, Murillo FJ, Torres-Martinez S. Prt1, an unusual retrotransposon-like sequence in the fungus Phycomyces blakesleeanus. Mol Gen Genet. 1996 Dec 13;253(3):324-333. Goodwin TJ, Poulter RT. A new group of tyrosine recombinase-encoding retrotransposons. Mol Biol Evol. 2004 Apr;21(4):746-759. Duncan L, Bouckaert K, Yeh F, Kirk DL. kangaroo, a mobile element from Volvox carteri, is a member of a newly recognized third class of retrotransposons. Genetics. 2002 Dec;162(4):1617-1630. Lorenzi HA, Robledo G, Levin MJ. The VIPER elements of trypanosomes constitute a novel group of tyrosine recombinase-enconding retrotransposons. Mol Biochem Parasitol. 2006 Feb;145(2):184-194. Cohen SM, Cappello J, Lodish HF. Transcription of Dictyostelium discoideum transposable element DIRS-1. Mol Cell Biol. 1984 Nov;4(11):2332-2340.
23.	原核生物のテロメラーゼ：protelomerase	全文(PDF)/紹介論文▼	2006/06/29
	Rybchin VN, Svarchevsky AN. The plasmid prophage N15: a linear DNA with covalently closed ends. Mol Microbiol. 1999 Sep;33(5):895-903. Review. Deneke J, Ziegelin G, Lurz R, Lanka E. The protelomerase of temperate Escherichia coli phage N15 has cleaving-joining activity. Proc Natl Acad Sci U S A. 2000 Jul 5;97(14):7721-7726. Huang WM, Joss L, Hsieh T, Casjens S. Protelomerase uses a topoisomerase IB/Y-recombinase type mechanism to generate DNA hairpin ends. J Mol Biol. 2004 Mar 12;337(1):77-92. Kobryn K, Chaconas G. ResT, a telomere resolvase encoded by the Lyme disease spirochete. Mol Cell. 2002 Jan;9(1):195-201. Deneke J, Burgin AB, Wilson SL, Chaconas G. Catalytic residues of the telomere resolvase ResT: a pattern similar to, but distinct from, tyrosine recombinases and type IB topoisomerases. J Biol Chem. 2004 Dec 17;279(51):53699-53706.
22.	SINE/LINEの挿入と哺乳類の系統解析	全文(PDF)/紹介論文▼	2006/06/02 (2006/07/05加筆)
	Shimamura M, Yasue H, Ohshima K, Abe H, Kato H, Kishiro T, Goto M, Munechika I, Okada N. Molecular evidence from retroposons that whales form a clade within even-toed ungulates. Nature. 1997 Aug 14;388(6643):666-670. Nikaido M, Rooney AP, Okada N. Phylogenetic relationships among cetartiodactyls based on insertions of short and long interpersed elements: hippopotamuses are the closest extant relatives of whales. Proc Natl Acad Sci U S A. 1999 Aug 31;96(18):10261-10266. Nishihara H, Satta Y, Nikaido M, Thewissen JG, Stanhope MJ, Okada N. A retroposon analysis of Afrotherian phylogeny. Mol Biol Evol. 2005 Sep;22(9):1823-1833. Kriegs JO, Churakov G, Kiefmann M, Jordan U, Brosius J, Schmitz J. Retroposed elements as archives for the evolutionary history of placental mammals. PLoS Biol. 2006 Apr;4(4):e91. Nishihara H, Hasegawa M, Okada N. Pegasoferae, an unexpected mammalian clade revealed by tracking ancient retroposon insertions. Proc Natl Acad Sci U S A. 2006 Jun 27;103(26):9929-9934.
	附. 哺乳類の高次分類		2006/06/21 (2006/07/05加筆)
21.	non-LTRレトロトランスポゾンの5'挿入機構	全文(PDF)/紹介論文▼	2006/05/08
	Luan DD, Korman MH, Jakubczak JL, Eickbush TH. Reverse transcription of R2Bm RNA is primed by a nick at the chromosomal target site: a mechanism for non-LTR retrotransposition. Cell. 1993 Feb 26;72(4):595-605. Ostertag EM, Kazazian HH Jr. Twin priming: a proposed mechanism for the creation of inversions in L1 retrotransposition. Genome Res. 2001 Dec;11(12):2059-2065. Martin SL, Li WL, Furano AV, Boissinot S. The structures of mouse and human L1 elements reflect their insertion mechanism. Cytogenet Genome Res. 2005;110(1-4):223-228. Zingler N, Willhoeft U, Brose HP, Schoder V, Jahns T, Hanschmann KM, Morrish TA, Lower J, Schumann GG. Analysis of 5' junctions of human LINE-1 and Alu retrotransposons suggests an alternative model for 5'-end attachment requiring microhomology-mediated end-joining. Genome Res. 2005 Jun;15(6):780-789. Odersky A, Panyutin IV, Panyutin IG, Schunck C, Feldmann E, Goedecke W, Neumann RD, Obe G, Pfeiffer P. Repair of sequence-specific 125I-induced double-strand breaks by nonhomologous DNA end joining in mammalian cell-free extracts. J Biol Chem. 2002 Apr 5;277(14):11756-11764. Ivanov VA, Melnikov AA, Siunov AV, Fodor II, Ilyin YV. Authentic reverse transcriptase is coded by jockey, a mobile Drosophila element related to mammalian LINEs. EMBO J. 1991 Sep;10(9):2489-95. Garcia-Perez JL, Gonzalez CI, Thomas MC, Olivares M, Lopez MC. Characterization of reverse transcriptase activity of the L1Tc retroelement from Trypanosoma cruzi. Cell Mol Life Sci. 2003 Dec;60(12):2692-701. Symer DE, Connelly C, Szak ST, Caputo EM, Cost GJ, Parmigiani G, Boeke JD. Human L1 retrotransposition is associated with genetic instability in vivo. Cell. 2002 Aug 9;110(3):327-338. Gilbert N, Lutz S, Morrish TA, Moran JV. Multiple fates of L1 retrotransposition intermediates in cultured human cells. Mol Cell Biol. 2005 Sep;25(17):7780-7795. Eickbush DG, Luan DD, Eickbush TH. Integration of Bombyx mori R2 sequences into the 28S ribosomal RNA genes of Drosophila melanogaster. Mol Cell Biol. 2000 Jan;20(1):213-223. Fujimoto H, Hirukawa Y, Tani H, Matsuura Y, Hashido K, Tsuchida K, Takada N, Kobayashi M, Maekawa H. Integration of the 5' end of the retrotransposon, R2Bm, can be complemented by homologous recombination. Nucleic Acids Res. 2004 Mar 3;32(4):1555-1565. Bibillo A, Eickbush TH. The reverse transcriptase of the R2 non-LTR retrotransposon: continuous synthesis of cDNA on non-continuous RNA templates. J Mol Biol. 2002 Feb 22;316(3):459-473. Bibillo A, Eickbush TH. End-to-end template jumping by the reverse transcriptase encoded by the R2 retrotransposon. J Biol Chem. 2004 Apr 9;279(15):14945-14953. Cost GJ, Feng Q, Jacquier A, Boeke JD. Human L1 element target-primed reverse transcription in vitro. EMBO J. 2002 Nov 1;21(21):5899-910.
20.	non-LTRレトロトランスポゾンによるDNA修復？：L1とL1Tc	全文(PDF)/紹介論文▼	2006/04/20
	Morrish TA, Gilbert N, Myers JS, Vincent BJ, Stamato TD, Taccioli GE, Batzer MA, Moran JV. DNA repair mediated by endonuclease-independent LINE-1 retrotransposition. Nat Genet. 2002 Jun;31(2):159-165. Olivares M, Lopez MC, Garcia-Perez JL, Briones P, Pulgar M, Thomas MC. The endonuclease NL1Tc encoded by the LINE L1Tc from Trypanosoma cruzi protects parasites from daunorubicin DNA damage. Biochim Biophys Acta. 2003 Apr 15;1626(1-3):25-32. Farkash EA, Kao GD, Horman SR, Prak ET. Gamma radiation increases endonuclease-dependent L1 retrotransposition in a cultured cell assay. Nucleic Acids Res. 2006 Feb 28;34(4):1196-1204. Olivares M, Alonso C, Lopez MC. The open reading frame 1 of the L1Tc retrotransposon of Trypanosoma cruzi codes for a protein with apurinic-apyrimidinic nuclease activity. J Biol Chem. 1997 Oct 3;272(40):25224-25228.
19.	レトロトランスポゾンからインテグラーゼを獲得した巨大転移因子：Polinton	全文(PDF)/紹介論文▼	2006/04/12
	Kapitonov VV, Jurka J. Self-synthesizing DNA transposons in eukaryotes. Proc Natl Acad Sci U S A. 2006 Mar 21;103(12):4540-4545. Gao X, Voytas DF. A eukaryotic gene family related to retroelement integrases. Trends Genet. 2005 Mar;21(3):133-137. Kobayashi T, Heck DJ, Nomura M, Horiuchi T. Expansion and contraction of ribosomal DNA repeats in Saccharomyces cerevisiae: requirement of replication fork blocking (Fob1) protein and the role of RNA polymerase I. Genes Dev. 1998 Dec 15;12(24):3821-3830. Gershan JA, Karrer KM. A family of developmentally excised DNA elements in Tetrahymena is under selective pressure to maintain an open reading frame encoding an integrase-like protein. Nucleic Acids Res. 2000 Nov 1;28(21):4105-4112. Wuitschick JD, Gershan JA, Lochowicz AJ, Li S, Karrer KM. A novel family of mobile genetic elements is limited to the germline genome in Tetrahymena thermophila. Nucleic Acids Res. 2002 Jun 1;30(11):2524-2537. Feschotte C, Pritham EJ. Non-mammalian c-integrases are encoded by giant transposable elements. Trends Genet. 2005 Oct;21(10):551-552.
18.	寄生因子とその寄生因子：LINEとSINE	全文(PDF)/紹介論文▼	2006/04/12
	Ohshima K, Hamada M, Terai Y, Okada N. The 3' ends of tRNA-derived short interspersed repetitive elements are derived from the 3' ends of long interspersed repetitive elements. Mol Cell Biol. 1996 Jul;16(7):3756-3764. Kajikawa M, Okada N. LINEs mobilize SINEs in the eel through a shared 3' sequence. Cell. 2002 Nov 1;111(3):433-444. Kajikawa M, Ichiyanagi K, Tanaka N, Okada N. Isolation and characterization of active LINE and SINEs from the eel. Mol Biol Evol. 2005 Mar;22(3):673-682. Erratum in: Mol Biol Evol. 2005 Apr;22(4):1159.
17.	Non-LTRレトロトランスポゾンの翻訳戦略：1本のRNAから2種類の蛋白質	全文(PDF)/紹介論文▼	2006/03/06 (2006/03/10加筆)
	Kojima KK, Matsumoto T, Fujiwara H. Eukaryotic translational coupling in UAAUG stop-start codons for the bicistronic RNA translation of the non-long terminal repeat retrotransposon SART1. Mol Cell Biol. 2005 Sep;25(17):7675-86. Alisch RS, Garcia-Perez JL, Muotri AR, Gage FH, Moran JV. Unconventional translation of mammalian LINE-1 retrotransposons. Genes Dev. 2006 Jan 15;20(2):210-224. Li PW, Li J, Timmerman SL, Krushel LA, Martin SL. The dicistronic RNA from the mouse LINE-1 retrotransposon contains an internal ribosome entry site upstream of each ORF: implications for retrotransposition. Nucleic Acids Res. 2006 Feb 6;34(3):853-864.
16.	サンドイッチ反復配列：CRISPR	全文(PDF)/紹介論文▼	2006/01/20
	Jansen R, Embden JD, Gaastra W, Schouls LM. Identification of genes that are associated with DNA repeats in prokaryotes. Mol Microbiol. 2002 Mar;43(6):1565-75. Bolotin A, Quinquis B, Sorokin A, Ehrlich SD. Clustered regularly interspaced short palindrome repeats (CRISPRs) have spacers of extrachromosomal origin. Microbiology. 2005 Aug;151(Pt 8):2551-61. Mojica FJ, Diez-Villasenor C, Garcia-Martinez J, Soria E. Intervening sequences of regularly spaced prokaryotic repeats derive from foreign genetic elements. J Mol Evol. 2005 Feb;60(2):174-82. Pourcel C, Salvignol G, Vergnaud G. CRISPR elements in Yersinia pestis acquire new repeats by preferential uptake of bacteriophage DNA, and provide additional tools for evolutionary studies. Microbiology. 2005 Mar;151(Pt 3):653-63. Haft DH, Selengut J, Mongodin EF, Nelson KE. A Guild of 45 CRISPR-Associated (Cas) Protein Families and Multiple CRISPR/Cas Subtypes Exist in Prokaryotic Genomes. PLoS Comput Biol. 2005 Nov 11;1(6):e60 [Epub ahead of print] Makarova KS, Aravind L, Grishin NV, Rogozin IB, Koonin EV. A DNA repair system specific for thermophilic Archaea and bacteria predicted by genomic context analysis. Nucleic Acids Res. 2002 Jan 15;30(2):482-96. Tang TH, Bachellerie JP, Rozhdestvensky T, Bortolin ML, Huber H, Drungowski M, Elge T, Brosius J, Huttenhofer A. Identification of 86 candidates for small non-messenger RNAs from the archaeon Archaeoglobus fulgidus. Proc Natl Acad Sci U S A. 2002 May 28;99(11):7536-41.
15.	殺虫剤耐性とトランスポゾン	全文(PDF)/紹介論文▼	2006/01/17
	Daborn PJ, Yen JL, Bogwitz MR, Le Goff G, Feil E, Jeffers S, Tijet N, Perry T, Heckel D, Batterham P, Feyereisen R, Wilson TG, ffrench-Constant RH. A single p450 allele associated with insecticide resistance in Drosophila. Science. 2002 Sep 27;297(5590):2253-6. Aminetzach YT, Macpherson JM, Petrov DA. Pesticide resistance via transposition-mediated adaptive gene truncation in Drosophila. Science. 2005 Jul 29;309(5735):764-7. Gahan LJ, Gould F, Heckel DG. Identification of a gene associated with Bt resistance in Heliothis virescens. Science. 2001 Aug 3;293(5531):857-60.
14.	逆転写酵素が感染を防ぐ？：Abortive infection	全文(PDF)/紹介論文▼	2006/01/13 (2006/07/11加筆)
	Bouchard JD, Moineau S. Homologous recombination between a lactococcal bacteriophage and the chromosome of its host strain. Virology. 2000 Apr 25;270(1):65-75. Bouchard JD, Moineau S. Lactococcal phage genes involved in sensitivity to AbiK and their relation to single-strand annealing proteins. J Bacteriol. 2004 Jun;186(11):3649-52. Fortier LC, Bouchard JD, Moineau S. Expression and site-directed mutagenesis of the lactococcal abortive phage infection protein AbiK. J Bacteriol. 2005 Jun;187(11):3721-30. Odegrip R, Nilsson AS, Haggard-Ljungquist E. Identification of a gene encoding a functional reverse transcriptase within a highly variable locus in the P2-like coliphages. J Bacteriol. 2006 Feb;188(4):1643-1647.
13.	胎盤とレトロエレメントの不思議な関係：syncytinとPeg10	全文(PDF)/紹介論文▼	2006/01/12
	Mi S, Lee X, Li X, Veldman GM, Finnerty H, Racie L, LaVallie E, Tang XY, Edouard P, Howes S, Keith JC Jr, McCoy JM. Syncytin is a captive retroviral envelope protein involved in human placental morphogenesis. Nature. 2000 Feb 17;403(6771):785-9. Ono R, Nakamura K, Inoue K, Naruse M, Usami T, Wakisaka-Saito N, Hino T, Suzuki-Migishima R, Ogonuki N, Miki H, Kohda T, Ogura A, Yokoyama M, Kaneko-Ishino T, Ishino F. Deletion of Peg10, an imprinted gene acquired from a retrotransposon, causes early embryonic lethality. Nat Genet. 2006 Jan;38(1):101-106.
12.	もう一つの獲得免疫系：Variable lymphocyte receptors	全文(PDF)/紹介論文▼	2006/01/06 (2007/02/19加筆)
	Pancer Z, Amemiya CT, Ehrhardt GR, Ceitlin J, Gartland GL, Cooper MD. Somatic diversification of variable lymphocyte receptors in the agnathan sea lamprey. Nature. 2004 Jul 8;430(6996):174-80. Pancer Z, Saha NR, Kasamatsu J, Suzuki T, Amemiya CT, Kasahara M, Cooper MD. Variable lymphocyte receptors in hagfish. Proc Natl Acad Sci U S A. 2005 Jun 28;102(26):9224-9. Epub 2005 Jun 17. Alder MN, Rogozin IB, Iyer LM, Glazko GV, Cooper MD, Pancer Z. Diversity and function of adaptive immune receptors in a jawless vertebrate. Science. 2005 Dec 23;310(5756):1970-3. Nagawa F, Kishishita N, Shimizu K, Hirose S, Miyoshi M, Nezu J, Nishimura T, Nishizumi H, Takahashi Y, Hashimoto S, Takeuchi M, Miyajima A, Takemori T, Otsuka AJ, Sakano H. Antigen-receptor genes of the agnathan lamprey are assembled by a process involving copy choice. Nat Immunol. 2007 Feb;8(2):206-13.
11.	哺乳類におけるトランスポゾンの利用：Sleeping BeautyとpiggyBac	全文(PDF)/紹介論文▼	2006/01/06
	Ivics Z, Hackett PB, Plasterk RH, Izsvak Z. Molecular reconstruction of Sleeping Beauty, a Tc1-like transposon from fish, and its transposition in human cells. Cell. 1997 Nov 14;91(4):501-10. Collier LS, Carlson CM, Ravimohan S, Dupuy AJ, Largaespada DA. Cancer gene discovery in solid tumours using transposon-based somatic mutagenesis in the mouse. Nature. 2005 Jul 14;436(7048):272-6. Dupuy AJ, Akagi K, Largaespada DA, Copeland NG, Jenkins NA. Mammalian mutagenesis using a highly mobile somatic Sleeping Beauty transposon system. Nature. 2005 Jul 14;436(7048):221-6. Ding S, Wu X, Li G, Han M, Zhuang Y, Xu T. Efficient transposition of the piggyBac (PB) transposon in mammalian cells and mice. Cell. 2005 Aug 12;122(3):473-83.
10.	原核生物の遺伝子水平移動と可動性遺伝因子	全文(PDF)/紹介論文▼	2005/12/28
	Garcia-Vallve S, Guzman E, Montero MA, Romeu A. HGT-DB: a database of putative horizontally transferred genes in prokaryotic complete genomes. Nucleic Acids Res. 2003 Jan 1;31(1):187-9. Nakamura Y, Itoh T, Matsuda H, Gojobori T. Biased biological functions of horizontally transferred genes in prokaryotic genomes. Nat Genet. 2004 Jul;36(7):760-6. Erratum in: Nat Genet. 2004 Oct;36(10):1126. Frost LS, Leplae R, Summers AO, Toussaint A. Mobile genetic elements: the agents of open source evolution. Nat Rev Microbiol. 2005 Sep;3(9):722-32. Review.
9.	大規模配列決定の新技術：Pyrosequencingを中心として	全文(PDF)/紹介論文▼	2005/12/26
	Ronaghi M. Pyrosequencing sheds light on DNA sequencing. Genome Res. 2001 Jan;11(1):3-11. Margulies M, Egholm M, Altman WE, Attiya S, Bader JS, Bemben LA, Berka J, Braverman MS, Chen YJ, Chen Z, Dewell SB, Du L, Fierro JM, Gomes XV, Godwin BC, He W, Helgesen S, Ho CH, Irzyk GP, Jando SC, Alenquer ML, Jarvie TP, Jirage KB, Kim JB, Knight JR, Lanza JR, Leamon JH, Lefkowitz SM, Lei M, Li J, Lohman KL, Lu H, Makhijani VB, McDade KE, McKenna MP, Myers EW, Nickerson E, Nobile JR, Plant R, Puc BP, Ronan MT, Roth GT, Sarkis GJ, Simons JF, Simpson JW, Srinivasan M, Tartaro KR, Tomasz A, Vogt KA, Volkmer GA, Wang SH, Wang Y, Weiner MP, Yu P, Begley RF, Rothberg JM. Genome sequencing in microfabricated high-density picolitre reactors. Nature. 2005 Sep 15;437(7057):376-80. Shendure J, Porreca GJ, Reppas NB, Lin X, McCutcheon JP, Rosenbaum AM, Wang MD, Zhang K, Mitra RD, Church GM. Accurate multiplex polony sequencing of an evolved bacterial genome. Science. 2005 Sep 9;309(5741):1728-32.
8.	レトロエレメントのマイナーグループ：Retroplasmid	全文(PDF)/紹介論文▼	2005/10/07
	Wang H, Lambowitz AM. The Mauriceville plasmid reverse transcriptase can initiate cDNA synthesis de novo and may be related to reverse transcriptase and DNA polymerase progenitor. Cell. 1993 Dec 17;75(6):1071-81. Walther TC, Kennell JC. Linear mitochondrial plasmids of F. oxysporum are novel, telomere-like retroelements. Mol Cell. 1999 Aug;4(2):229-38. Simpson EB, Ross SL, Marchetti SE, Kennell JC. Relaxed primer specificity associated with reverse transcriptases encoded by the pFOXC retroplasmids of Fusarium oxysporum. Eukaryot Cell. 2004 Dec;3(6):1589-600.
7.	レトロトランスポゾンの3つ目のグループ：Penelope-like elements（PLEs）	全文(PDF)/紹介論文▼	2005/08/09
	Evgen'ev MB, Zelentsova H, Shostak N, Kozitsina M, Barskyi V, Lankenau DH, Corces VG. Penelope, a new family of transposable elements and its possible role in hybrid dysgenesis in Drosophila virilis. Proc Natl Acad Sci U S A. 1997 Jan 7;94(1):196-201. Lyozin GT, Makarova KS, Velikodvorskaja VV, Zelentsova HS, Khechumian RR, Kidwell MG, Koonin EV, Evgen'ev MB. The structure and evolution of Penelope in the virilis species group of Drosophila: an ancient lineage of retroelements. J Mol Evol. 2001 May;52(5):445-456. Volff JN, Hornung U, Schartl M. Fish retroposons related to the Penelope element of Drosophila virilis define a new group of retrotransposable elements. Mol Genet Genomics. 2001 Jun;265(4):711-720. Dalle Nogare DE, Clark MS, Elgar G, Frame IG, Poulter RT. Xena, a full-length basal retroelement from tetraodontid fish. Mol Biol Evol. 2002 Mar;19(3):247-255. Pyatkov KI, Arkhipova IR, Malkova NV, Finnegan DJ, Evgen'ev MB. Reverse transcriptase and endonuclease activities encoded by Penelope-like retroelements. Proc Natl Acad Sci U S A. 2004 Oct 12;101(41):14719-14724. Arkhipova IR, Pyatkov KI, Meselson M, Evgen'ev MB. Retroelements containing introns in diverse invertebrate taxa. Nat Genet. 2003 Feb;33(2):123-124.
6.	二刀流のnon-LTRレトロトランスポゾン：Dualen	全文(PDF)/紹介論文▼	2005/08/05
	Kojima KK, Fujiwara H. An extraordinary retrotransposon family encoding dual endonucleases. Genome Res. 2005 Aug;15(8):1106-1117.
5.	チロシンリコンビナーゼを持つ真核性転移因子：TecとCrypton	全文(PDF)/紹介論文▼	2005/07/29
	Doak TG, Witherspoon DJ, Jahn CL, Herrick G. Selection on the genes of Euplotes crassus Tec1 and Tec2 transposons: evolutionary appearance of a programmed frameshift in a Tec2 gene encoding a tyrosine family site-specific recombinase. Eukaryot Cell. 2003 Feb;2(1):95-102. Jacobs ME, Sanchez-Blanco A, Katz LA, Klobutcher LA. Tec3, a new developmentally eliminated DNA element in Euplotes crassus. Eukaryot Cell. 2003 Feb;2(1):103-114 Goodwin TJ, Butler MI, Poulter RT. Cryptons: a group of tyrosine-recombinase-encoding DNA transposons from pathogenic fungi. Microbiology. 2003 Nov;149(Pt 11):3099-3109.
4.	細菌よりも大きなウイルス：mimivirus	全文(PDF)/紹介論文▼	2005/07/28
	La Scola B, Audic S, Robert C, Jungang L, de Lamballerie X, Drancourt M, Birtles R, Claverie JM, Raoult D. A giant virus in amoebae. Science. 2003 Mar 28;299(5615):2033. Raoult D, Audic S, Robert C, Abergel C, Renesto P, Ogata H, La Scola B, Suzan M, Claverie JM. The 1.2-megabase genome sequence of Mimivirus. Science. 2004 Nov 19;306(5700):1344-1350.
3.	ローリング・ポゾーンズ？：IS91とHelitron	全文(PDF)/紹介論文▼	2005/07/14
	Garcillan-Barcia MP, Bernales I, Mendiola VM, de la Cruz F. IS91 rolling-circle transposition Mobile DNA II, 2002. 891-904. Kapitonov VV, Jurka J. Rolling-circle transposons in eukaryotes. Proc Natl Acad Sci U S A. 2001 Jul 17;98(15):8714-9. Poulter RT, Goodwin TJ, Butler MI. Vertebrate helentrons and other novel Helitrons. Gene. 2003 Aug 14;313:201-12.
2.	免疫系はトランスポゾンが作った？：TransibとRAG1	全文(PDF)/紹介論文▼	2005/07/11
	Kapitonov VV, Jurka J. RAG1 core and V(D)J recombination signal sequences were derived from Transib transposons. PLoS Biol. 2005 Jun;3(6):e181. Kapitonov VV, Jurka J. Molecular paleontology of transposable elements in the Drosophila melanogaster genome. Proc Natl Acad Sci U S A. 2003 May 27;100(11):6569-6574.
1.	新しくて古いレトロエレメント：Diversity-generating retroelement	全文(PDF)/紹介論文▼	2005/07/07
	Liu M, Deora R, Doulatov SR, Gingery M, Eiserling FA, Preston A, Maskell DJ, Simons RW, Cotter PA, Parkhill J, Miller JF. Reverse transcriptase-mediated tropism switching in Bordetella bacteriophage. Science. 2002 Mar 15;295(5562):2091-4. Doulatov S, Hodes A, Dai L, Mandhana N, Liu M, Deora R, Simons RW, Zimmerly S, Miller JF. Tropism switching in Bordetella bacteriophage defines a family of diversity-generating retroelements. Nature. 2004 Sep 23;431(7007):476-81. Hatfull GF. Microbiology. A tail of two specifi-cities. Science. 2002 Mar 15;295(5562):2031-2. Boeke JD. Evolution: A is for adaptation. Nature. 2004 Sep 23;431(7007):408-9. Liu M, Gingery M, Doulatov SR, Liu Y, Hodes A, Baker S, Davis P, Simmonds M, Churcher C, Mungall K, Quail MA, Preston A, Harvill ET, Maskell DJ, Eiserling FA, Parkhill J, Miller JF. Genomic and genetic analysis of Bordetella bacteriophages encoding reverse transcriptase-mediated tropism-switching cassettes. J Bacteriol. 2004 Mar;186(5):1503-17.

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