icon VICS-II Screenshot Documentation Download

1 Inrtoduction
VICS-IIは結晶構造可視化ソフト、VICSの次世代バージョンです。VICSは泉富士夫先生Ruben A. DilanianによりVENUS systemの一部として開発されました。VENUSVisualization of Electron/NUclear densities and Structuresの略で、2001年に開発がスタートしました。私がVENUSの使用を開始した2003年暮れには一通りの機能は既に実装されていましたが、VICSやVENDのパフォーマンスに不満を持ったことがきっかけでソースコードをチェックし始め、幾つかの修正を送ったりしました。
2004年6月末には開発者の一人であるDilanianが泉先生のもとを去ることが決定し、VICSとVENDの開発ストップの気配が濃厚になりました。しかし、VICSやVENDの操作性について依然として不満を持っていたことと、既に機能している膨大なソースコードが存在したことから、既存コードの一部をベースに新しいwxWidgetsというツールキットを使用して大幅にスケーラビリティーをアップした全く新しいプログラムを作成することを決意しました。
VICS-IIはWindows, Mac OS X, Linuxの3大プラットフォームで動作し、非商用の用途には無料で配布されています。
VENUS packageは次の4つのプログラムから構成されています。
VENUSに関する情報の詳細は泉富士夫先生のホームページを参照して下さい。
2 主な機能
構造はball-and-stick, space-filling, polyhedral, wireframe, stickの4つのモードで表示され、ball-and-stickとstickモデルではファンデルワールス半径のdot surface sphereを重ねることが出来ます。原子は球の代わりに熱振動楕円体を描くことが出来ます。表示領域の境界はORTEP-IIIにおけるconvoluting sphere, reiterative convoluting sphereと同様の機能により配位多面体や分子が途中で切れることのないように設定できます。
原子、結合、配位多面体などを選択することにより分率座標、translation vector、等価位置、原子間距離、結合角、ねじれ角、そして配位多面体に関する各種情報(volume, quadratic elongation, bond angle variance, bond valence sum)などを得ることが出来ます。
また磁気モーメントや原子の変位を表すベクトルを設定可能です。
VICS-IIで特筆すべき機能としては などがあります。その他にもVICSと比較して原子生成速度の高速化(数倍〜数千倍)、複数の格子面やベクトルの定義、半透明な配位多面体の描画順序の改善、OSに特有のLook & Feel、従来版におけるBarとWindowを統合した新デザインのWindowなどを実現しています。
注: 機能拡張のために*.vcsのファイルフォーマットが一部変更されており、次のデータに関してはVICSとVICS-IIの間で互換性がありません。 上記の情報が失われる他はVICSとVICS-IIの間で相互にファイルの読み込みが可能です。また、VENDは両方の形式を正しく読み込めます。
3 対応ファイル形式
入力ファイル
  1. Original format of VICS (*.vcs)
  2. American Mineralogist Crystal Structure Database
  3. Chem3D
  4. CIF (Crystallographic Information File)
  5. CrystalMaker text file
  6. ICSD-CRYSTIN
  7. CSSR (Crystal Structure Search and Retrieval)
  8. CSD/FDAT
  9. GAMESS input and 3D surface data files output by MacMolPlt
  10. Gaussian Cube format
  11. ICSD (Inorganic Crystal Structure Database)
  12. MDL Molfile
  13. MINCRYST (Crystallographic Database for Minerals)
  14. MOLDA
  15. PDB (Protein Data Bank)
  16. User input file, *.ins, of RIETAN-2000
  17. VASP
  18. WIEN2k struct
  19. XCrySDen XSF format
  20. XMol XYZ
  21. asse
  22. F01 for SCAT and C04D for contrd
  23. MXDORTO FILE07.DAT
  24. FEFF input file
出力ファイル
  1. Original format of VICS (*.vcs)
  2. Chem3D
  3. CIF (Crystallographic Information File)
  4. PDB (Protein Data Bank)
  5. User input file, *.ins, of RIETAN-2000
  6. XMol XYZ
  7. VRML
画像出力(raster image)
  1. BMP
  2. EPS
  3. JPEG
  4. JPEG 2000
  5. PNG
  6. PPM
  7. RAW
  8. RGB (SGI)
  9. TGA
  10. TIFF
画像出力(ベクトル形式)
  1. EPS
  2. PDF
  3. PS
4 Changelogs