細田 一史のホームページ (->English)

ちわす!ほそだです!

細田 一史
大阪大学 未来戦略機構 特任准教授
ヒューマンウェアイノベーション博士課程プログラム 教務委員長
連絡先:hosoda"at"humanware.osaka-u.ac.jp
→リンク:大阪大学の研究者詳細ページ
→リンク:ヒューマンウェアプログラムHP
(これは本気で非常に良いプログラムだと思っています。 自分に委員長をさせてみるぐらい挑戦的かつ器の大きい運営教授たちと、 一騎当千を感じさせる個性的で素晴らしい学生達がたくさんいる最高の集団です。 気合の入った学生はぜひぜひ! 質問もいつでもウェルカムです。)

あと、関係ないですが阪大のアメリカ関連の情報紹介つくりましたので阪大生の方は是非! →リンク:阪大のアメリカ関連

サンプル

研究

一言で言うと、「自然の動き(時間変化)」に興味があり、研究しています。 ここでの自然には、分子・生物・生態系・地球環境を含んでいます。もちろん人間や生活環境も含みます。  →リンク:ちょっと説明
動機は「世の中には環境問題とか社会問題とか、ほっておくとまずい大きな問題があるので、 それらを解決して楽しい世の中にしたい」です。こういう大きな問題は人類の価値観の改革や、 科学技術的な根本解決が必要なので、基礎研究とか科学革命とかが必要になってくるわけです。 その意味で、知的興味心は多々ありますが、動機は応用(?)です。

具体的には、
・いろんな生物がいる実験生態系の時間変化(進化を含む)についての研究
・生命現象や自然現象の原理についての理論研究
・生命・情報・工学の融合研究
などを行っています。

*ちょっとずつですけどちゃんと説明をたしていきます。(きっとここから各研究の説明とか業績に飛んでいけばかっちょいいんだろうな〜、と思いつつ。)

Papers

--- New ---

- Matsuura, T., Tanimura, N., Hosoda, K., Yomo, T., Shimizu, Y., (2017), Reaction dynamics analysis of a reconstituted Escherichia coli protein translation system by computational modeling. PNAS, Early Edition, doi: 10.1073/pnas.1615351114

- Nakamura, T., Tominaga, T., Watanabe, M., Thammasan, N., Urai, K., Nakamura, Y., Hosoda, K., Hara, T., Hijikata, Y., (2017), Investigation on Dynamics of Group Decision Making with Collaborative Web Search. In Proceedings of 2017 IEEE/WIC/ACM International Conference on Web Intelligence.

--- Experimental ecology and evolution ---

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- Hosoda, K., Tsuda, S., Kadowaki, K., Nakamura, Y., Nakano, T., Ishii, K., (2016), Population-reaction model and microbial experimental ecosystems for understanding hierarchical dynamics of ecosystems. Biosystems 140, 28-34.

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- Hosoda, K., Habuchi, M., Suzuki, S., Miyazaki, M., Takikawa, G., Sakurai, T., Kashiwagi, A., Sueyoshi, M., Matsumoto, Y., Kiuchi, A., et al., (2014), Adaptation of a Cyanobacterium to a Biochemically Rich Environment in Experimental Evolution as an Initial Step toward a Chloroplast-Like State. Plos One 9.

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- Kubo, I., Hosoda, K., Suzuki, S., Yamamoto, K., Kihara, K., Mori, K., and Yomo, T., (2013), Construction of bacteria-eukaryote synthetic mutualism. Biosystems 113, 66-71.

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- Kumano, I., Hosoda, K., Suzuki, H., Hirata, K., and Yomo, T., (2012), Hydrodynamic trapping of Tetrahymena thermophila for the long-term monitoring of cell behaviors. Lab on a chip 12, 3451-3457.

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- Hosoda, K., Suzuki, S., Yamauchi, Y., Shiroguchi, Y., Kashiwagi, A., Ono, N., Mori, K., and Yomo, T., (2011), Cooperative adaptation to establishment of a synthetic bacterial mutualism. PLoS One 6, e17105.


- Hosoda, K., and Yomo, T., (2011), Designing symbiosis. Bioeng Bugs 2, 338-341.
- Kihara, K., Mori, K., Suzuki, S., Hosoda, K., Yamada, A., Matsuyama, S., Kashiwagi, A., and Yomo, T., (2011), Probabilistic transition from unstable predator-prey interaction to stable coexistence of Dictyostelium discoideum and Escherichia coli. Biosystems 103, 342-347.
- Hosoda, K., Mori, K., Shiroguchi, Y., Yamauchi, Y., Kashiwagi, A., and Yomo, T., (2008), Synthetic ecosystem of Escherichia coli for discovery of novel cooperative and self-adaptive algorithms. Paper presented at: Bioinspired Models of Network, Information, and Computing Systems (BIONETICS) 2008 (ICST).


--- Simple theory of biological dynamics ---

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- Hosoda, K., Matsuura, T., Suzuki, H., and Yomo, T., (2011), Origin of lognormal-like distributions with a common width in a growth and division process. Physical Review E 83, 031118.


--- Application of biological dynamics ---


- Nakamura, T., Tominaga, T., Watanabe, M., Thammasan, N., Urai, K., Nakamura, Y., Hosoda, K., Hara, T., Hijikata, Y., (2017), Investigation on Dynamics of Group Decision Making with Collaborative Web Search. In Proceedings of 2017 IEEE/WIC/ACM International Conference on Web Intelligence.
- Okaie, Y., Nakano, T., Hara, T., Obuchi, T., Hosoda, K., Hiraoka, Y., Nishio, S., (2014), Cooperative Target Tracking by a Mobile Bionanosensor Network., IEEE Transactions on Nanobioscience, 13(3), p 267-277
- Nakano, T., Hosoda, K., Nakamura, Y., and Ishii, K., (2013), A biologically-inspired intrabody nanonetwork: design considerations. In Proceedings of the 8th International Conference on Body Area Networks (Boston, Massachusetts: ICST (Institute for Computer Sciences, Social-Informatics and Telecommunications Engineering)), pp. 484-487.

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- Kiyokawa, K., Hatanaka, M., Hosoda, K., Okada, M., Shigeta, H., Ishihara, Y., Ooshita, F., Kakugawa, H., Kurihara, S., and Moriyama, K., (2012), Owens Luis - A context-aware multi-modal smart office chair in an ambient environment. Paper presented at: Virtual Reality (VR), 2012 IEEE (Costa Mesa, CA, USA).


- Shigeta, H., Nakase, J., Tsunematsu, Y., Kiyokawa, K., Hatanaka, M., Hosoda, K., Okada, M., Ishihara, Y., Ooshita, F., Kakugawa, H., et al., (2012), Implementation of a smart office system in an ambient environment. Paper presented at: Virtual Reality (VR), 2012 IEEE (Costa Mesa, CA, USA).


--- Artificial life by biochemicals ---

Link: -> Dr. Matsuura , Associate Professor, Graduate School of Engineering, Osaka university

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- Matsuura, T., Tanimura, N., Hosoda, K., Yomo, T., Shimizu, Y., (2017), Reaction dynamics analysis of a reconstituted Escherichia coli protein translation system by computational modeling. PNAS, Early Edition, doi: 10.1073/pnas.1615351114

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- Matsuura, T., Hosoda, K., Kazuta, Y., Ichihashi, N., Suzuki, H., and Yomo, T., (2012), Effects of compartment size on the kinetics of intracompartmental multimeric protein synthesis. ACS synthetic biology 1, 431-437.
- Hirata, K., Ichii, T., Suzuki, H., Matsuura, T., Hosoda, K., and Yomo, T., (2012), Fractal-shaped microchannel design for a kinetic analysis of biochemical reaction in a delay line. Microfluid Nanofluid 13, 273-278.
- Sunami, T., Hosoda, K., Suzuki, H., Matsuura, T., and Yomo, T., (2010), Cellular compartment model for exploring the effect of the lipidic membrane on the kinetics of encapsulated biochemical reactions. Langmuir 26, 8544-8551.
- Urabe, H., Ichihashi, N., Matsuura, T., Hosoda, K., Kazuta, Y., Kita, H., and Yomo, T., (2010), Compartmentalization in a water-in-oil emulsion repressed the spontaneous amplification of RNA by Q beta replicase. Biochemistry 49, 1809-1813.
- Hosoda, K., Sunami, T., Kazuta, Y., Matsuura, T., Suzuki, H., and Yomo, T., (2008), Quantitative study of the structure of multilamellar giant liposomes as a container of protein synthesis reaction. Langmuir 24, 13540-13548.
- Kita, H., Matsuura, T., Sunami, T., Hosoda, K., Ichihashi, N., Tsukada, K., Urabe, I., and Yomo, T., (2008), Replication of genetic information with self-encoded replicase in liposomes. Chembiochem 9, 2403-2410.


- Matsuura, T., Hosoda, K., Ichihashi, N., Kazuta, Y., and Yomo, T., (2011), Kinetic Analysis of {beta}-Galactosidase and {beta}-Glucuronidase Tetramerization Coupled with Protein Translation. J Biol Chem 286, 22028-22034.
- Ichihashi, N., Matsuura, T., Hosoda, K., and Yomo, T., (2010), Identification of two forms of Q{beta} replicase with different thermal stabilities but identical RNA replication activity. J Biol Chem 285, 37210-37217.
- Ichihashi, N., Kita, H., Hosoda, K., Sunami, T., Tsukada, K., Matsuura, T., and Yomo, T., (2009), Requirements for Efficient Replication of Genetic Information in a Translation-Coupled Replication System. Origins Life Evol B 39, 317-318.
- Ichihashi, N., Matsuura, T., Kita, H., Hosoda, K., Sunami, T., Tsukada, K., and Yomo, T., (2008), Importance of translation-replication balance for efficient replication by the self-encoded replicase. Chembiochem 9, 3023-3028.

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- Hosoda, K., Matsuura, T., Kita, H., Ichihashi, N., Tsukada, K., Urabe, I., and Yomo, T., (2008), A novel sequence-specific RNA quantification method using nicking endonuclease, dual-labeled fluorescent DNA probe, and conformation-interchangeable oligo-DNA. Rna 14, 584-592.

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- Hosoda, K., Matsuura, T., Kita, H., Ichihashi, N., Tsukada, K., and Yomo, T., (2007), Kinetic analysis of the entire RNA amplification process by Qbeta replicase. J Biol Chem 282, 15516-15527.

その他、業績

→リンク:学術論文と会議論文(査読有り)

著書(国際誌)
・Hosoda, K., Ono, N., Suzuki, S., and Yomo, T., (2014), Transcriptome Analysis of a Microbial Coculture in which the Cell Populations Are Separated by a Membrane. In Engineering and Analyzing Multicellular Systems, L. Sun, and W. Shou, eds., (Springer New York), pp. 151-164.
・Sunami, T., Kita, H., Hosoda, K., Matsuura, T., Suzuki, H., and Yomo, T., (2009), Chapter 2 - Detection and analysis of protein synthesis and RNA replication in giant liposomes. Methods Enzymol 464, 19-30.

特許
・四方哲也・鈴木宏明・細田 一史、低濃度粒子測定装置および方法、科学技術振興機構、特開2012-208004、特願2011-073660
・四方哲也・細田 一史・松浦友亮・中島敏博・樋口浩文、大阪産業振興機構・大阪大学・化血研、特開2008-99570(P2008-99570A), 特願2006-282975(P2006-282975)

招待講演 国際会議
・"Introduction: Microbes go to work", Gordon Research Conference (Microbial Population Biology), Proctor Academy (Andover, NH), July 19-24, 2015
・"Phenotypic Plasticity for the Establishment of Symbiosis." The 7th Okazaki Biology Conference (Shizuoka, Japan), Jan. 11-14, 2010

招待講演 国内会議
・"生態学における、進化・群集・生態系をつなぐ視点", 招待パネリスト, 進化群集生態学シンポジウム2016, 京都大学理学部セミナーハウス, 2016年10月7日
・"複数の微生物を混ぜると現実の多対多を教えてくれる", 第89回日本細菌学会総会, 大阪国際交流センター, 2016年3月23日
・"Synthetic ecosystems", 「細胞を創る」研究会 8.0, 大阪大学, 2015年11月13日
・"Interdisciplinary research: Why and how", 第9回 学生主催若手合宿研究交流会, ホテルウェルネス大和路(奈良県), 2015年7月16日
・"微生物の実験室内進化をつかってコミュニティの進化を見て考える", 第8回Evo-devo青年の会, 名古屋大学, 2015年6月27日
・"ニッチとは何か", 第62回日本生態学会大会(シンポジウム・多種共存機構とニッチ), 鹿児島大学, 2015年3月18-22日
・"結局その○○学で何がしたいのか", 生命情報科学若手の会・第6回年回, 理研 CDB(神戸), 2014年10月29-30日
・"共生の進化原理とは何か?", 第3回マトリョーシカ型生物学研究会, 神戸大学, 2014年7月11日
・"微生物実験系に「生物群集はどのように変化するのか」を聞く", 龍谷大セミナー, 龍谷大学, 2014年5月26日
・"微生物による実験生態系の進化", 第45回 種生物学シンポジウム, 別府市ふれあい広場サザンクロス, 2013年11月29-12月1日
・"Toward a paradigm shift having fun with complex living systems.", 第10回 生命科学リトリート, 静岡県掛川市 ヤマハリゾートつま恋, 2013年10月31日(木)
・"Experimental evolution of synthetic microbial symbioses." (in Microbes and symbiosis-1 What is symbiosis?), the 28th Annual meeting of the Japanese Society of Microbial Ecology (JSME 28), Aichi, Japan, 2012, Sep. 19-22
・"Experimental evolution of an artificial bacterial mutualism.", 複雑系生命システム研究センターセミナー, 東京大学 16号館 第一会議室, 2012年3月29日
・"なぜ生物は共生するのか?実験的に再構成して考える", 第6回 内部観測研究会, 神戸大学六甲台キャンパス 百年記念館 六甲ホール, 2012年3月17-18日
・"2種大腸菌による栄養共生への迅速な適応とその遺伝子発現変化" 日本生態学会第57回大会, 東京大学 (シンポジウム・迅速な適応性(第2回)-学習や表現型可塑性がドライブする進化), 2010年3月15-20日
・"大腸菌の人工相利共生系で観察される協力的表現型変化" 第19回日本数理生物学会大会, 東京大学, p90【S13】(企画シンポジウム・新しい数理生態学の問題への誘い), 2009年9月9-11日
・"Adaptive phenotypic change observed in a synthetic mutualism composed of two auxotrophs of Escherichia coli." 複雑系生命センター、ERATO複雑系生命プロジェクト共催セミナー, 東京大学, 2009年5月14日
・"人工共生系を用いて共生の成り立ちで起こる表現型変化をリアルタイムに観察する" 第24回駒場進化セミナー, 東京大学, 2009年5月14日

・大阪大学未来戦略シンポジウム:ヒューマンウェアキックオフシンポジウム(記念動画がありました↓)

受賞
"大阪大学総長奨励賞・研究部門", 大阪大学, 2014年7月8日
"Evolution in Action", Artificial Life XIII, Michigan, USA, 2012 July.19-22

略歴

・2002年03月 大阪大学 工学部 卒業
・2002-2003年 休学 (3か月 フリーター → 9か月 地球一周一人旅。遊びじゃないよ!社会見学です。)
・2005年03月 大阪大学 情報科学研究科 修了
・2008年03月 大阪大学 生命機能研究科 修了
・2008年04月 大阪大学大学院情報科学研究科 特任助教
・2013年02月〜現在 大阪大学未来戦略機構 特任准教授
 (2016年度後期 早稲田大学 先進理工学部 非常勤講師)
 (2017年度前期 愛媛大学 理学部 非常勤講師)