| 1981 | 秋 | Ｆ．Ｃ．上田ＧＥＮＴＩＡＮ設立 | |||
| 82 | 長野県 | 東信リーグ2部 | 優勝 | 東信リーグ1部昇格 | |
| 83 | 長野県 | 東信リーグ1部 | 2位 | 天皇杯長野県大会準優勝 | |
| 84 | 長野県 | 東信リーグ1部 | 優勝 | 長野県リーグ昇格 | |
| 85 | 長野県 | 県リーグ1部 | 2位 | ||
| 86 | 長野県 | 県リーグ1部 | 2位 | 天皇杯長野県大会優勝 天皇杯北信越大会優勝 天皇杯全国大会1回戦 vs日本鋼管（１−７） 山梨国民体育大会主体チームとして出場 | |
| 87 | 長野県 | 県リーグ1部 | 優勝 | 長野県社会人大会優勝 全国社会人大会1回戦 vs熊本松下（２−０） 2回戦 秋田市役所（１−３） | |
| 88 | 長野県 | 県リーグ1部 | 優勝 | 長野県社会人大会優勝 北信越社会人大会 vsＹＫＫに惜敗 | |
| 89 | 長野県 | 県リーグ1部 | 優勝 | 天皇杯長野県大会優勝 天皇杯北信越大会 vs日精樹脂に惜敗 | |
| 90 | 長野県 | 県リーグ1部 | 優勝 | 長野県社会人大会優勝 北信越社会人大会 vs富山クラブに惜敗 | |
| 91 | 長野県 | 県リーグ1部 | 3位 | ||
| 92 | 長野県 | 県リーグ1部 | 優勝 | ||
| 93 | 長野県 | 県リーグ1部 | 優勝 | GENTIANジュニア発足 | |
| 94 | 長野県 | 県リーグ1部 | 2位 | ||
| 95 | 長野県 | 県リーグ1部 | 優勝 | 北信越リーグ昇格 長野県社会人大会優勝 北信越社会人大会 vs北陸電力に惜敗 天皇杯長野県大会優勝 天皇杯北信越大会 vs北陸電力に惜敗 | |
| 96 | 北信越 | 北信越リーグ1部 | 8位 | 天皇杯長野県大会優勝 天皇杯全国大会 vs国見ＦＣに惜敗 | |
| 97 | 北信越 | 北信越リーグ1部 | 6位 | 長野県社会人大会優勝 | |
| 98 | 北信越 | 北信越リーグ1部 | 6位 | 天皇杯長野県大会優勝 天皇杯全国大会 vs鵬翔高校に惜敗 | |
| 99 | 北信越 | 北信越リーグ1部 | 3位 | 長野県社会人大会優勝 GENTIANジュニアユース発足 | |
| 2000 | 北信越 | 北信越リーグ1部 | 2位 | 地域リーグ決勝大会出場（1勝1敗） 天皇杯長野県大会優勝 天皇杯全国大会 vsサンフレッチェ広島ユース（１−０） vs大分トリニータに惜敗 | |
| 01 | 北信越 | 北信越リーグ1部 | 2位 | 地域リーグ決勝大会出場 予選突破 決勝ラウンドへ | |
| 02 | 北信越 | 北信越リーグ1部 | 6位 | 長野県社会人大会優勝 全国社会人大会出場1回戦敗退 | |
| 03 | 北信越 | 北信越リーグ1部 | 3位 | 長野県社会人大会優勝 全国社会人大会出場2回戦敗退 | |
| 04 | 北信越 | 北信越リーグ1部 | 4位 | ||
| 05 | 北信越 | 北信越リーグ | 6位 | ||
| 06 | 北信越 | 北信越リーグ | 8位 | 入替戦 １leg ＦＣ金津 ２−０ ＦＣ上田 2leg ＦＣ上田 ２−０ ＦＣ金津 ＰＫ戦 ＦＣ上田 ６−５ ＦＣ金津 |