FigTree

2014 年 5 月 9 日 改訂
井上 潤

FigTree は newick 形式で作成された系統樹を graphical に表示するプログラムです.Tree の分岐が増えるようにアレンジしたり,年代推定値の 95% 信頼区間を枝ごとに棒グラフで表すことができます.PDF ファイルとして保存してイラストレーターなどで加工することができます (EPS ファイル保存だと,文字がビットマップ [点の集まりとして] で保存されてしまいます).

TreeView もついに Mac の OS である Lion から使えなくなりました.最近は FigTree を使い始めましたが,画面に newick format をコピー&ペーストして tree を描かせたり,MCMCTREE の年代制約を見ることができるので,重宝しています [2012 年 11 月].


気づいた点
  • 以下のファイルをテキストファイルで作成・保存して FigTree で開いてください.あるいは,コマンド+N で新しいページを開いて,ペーストすることもできます.ただし,こちらのページ (一番した) で紹介したような信頼区間付き Time tree にする場合は,newick format に記載されている信頼区間の記述方法を変換する必要があります.MCMCTREE の結果であれば,下の Perl script で変換できます.

    #NEXUS
    BEGIN TREES;
    UTREE 1= (newick format の tree を貼付けてください);
    ENDBLOCK;


mcmctree で得られた TimeTree を FigTree で表示する

mcmctree は推定された 95% 信頼区間入り Time tree を newick format 形式で出力します.これを FigTree で読み込むフォーマットに書き換える必要があります.Perl script を作りましたが,検索置換を 3 回ぐらい行うことで,簡単に infile を作ることができます.コマンド+N の後にスクリーンアウトをペースとしてください.
MctToFigTre_fol.tar.gz


mcmctree で得られた TimeTree を FigTree で表示する
Jave executable version (.tgz ファイル) をダウンロードして使う場合は,lib/figree.jar を右クリック>開くで起動してください.
 Mac の 10.9.2 で Mac OSX executable version (.dmg ファイル) をダウンロード&解凍して FigTreev1.4.0app を起動しようとしたのですが,うまく行きませんでした.上の方法で Java version を起動すると,うまく動きました.
 この情報は OIST 勉強会で教えていただきました.ありがとうございます (2014 年 5 月).